结构优化过程中会尽可能释放位阻造成的斥力，如果在优化过程中斥力能释放得充分、没有额外束缚/阻碍导致无法释放斥力，则优化完的结构里IGMH等值面就不会显示出偏红的暗示位阻的地方
你当前的图里绿色区域本来就没什么位阻，顶多说是相对拥挤、没有空隙。如果你想体现分子各个区域有没有空隙因而有机会让其它分子接触（特别是接触中心金属），可以绘制范德华表面（常用电子密度0.001 a.u.或0.002 a.u.等值面定义），或者下文的做法
使用Multiwfn绘制分子和固体表面的距离投影图
http://sobereva.com/589（http://bbs.keinsci.com/thread-21754-1-1.html）