实际环境中结构该是什么样就用什么样的结构、净电荷该是多少是多少，决不能为了凑希望的结果而任意设置净电荷。

对于可解离质子/可被质子化的位点，那样的位点在能接触水的情况下才可能变得带净电荷，并且带净电的状态才会被稳定化。因此要根据实际情况设置位点的质子化态，该用溶剂模型表现水时就至少要用隐式溶剂模型

某些情况下GFN2-xTB可能由于精度问题导致结构明显不合理，但这要先在排除其它可能的硬伤的前提下再考虑这一点，毕竟对大体系用DFT优化作为参照需要花不少时间。

并且注意VMD对成键的判断未必合理，避免因为键长稍微长一些而被VMD判断没有键就真的以为没成键
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414（http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html）

谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html）