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发布时间: 2026-4-6 02:19
正文摘要:我在构建蛋白质和配体体系。我先用pdb2gmx 生成了蛋白质的gro文件（Amber力场），然后基于Sobtop生成了配体的gro文件和top文件。我想让配体和蛋白在盒子里直接模拟，所以直接将配体gro文件内容粘贴到了蛋白质gro文件 ... |
sobereva 发表于 2026-4-6 03:02 谢谢社长指导 |
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VMD根据载入的结构判断成键关系，由于配体和蛋白质有显著重合，所以一开始判断出了键，拉远后成键关系依然维持。 移动配体后重新判断成键关系就完了，参考下文 谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题 http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html） |
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