wanwen 发表于 2026-4-6 15:35 只要你用的材料表面有GROMACS里能用的力场，就强烈不建议用lammps，速度慢得多得多，上手也更难，用户数也少得多得多，也不适合模拟蛋白质 |
sobereva 发表于 2026-4-6 03:36 您好，卢老师，我想请教一个于我而言关键的问题，就是我目前使用的是Gromacs来模拟蛋白质和材料表面的模拟，有必要使用Lammps来进行模拟？（不知道是不是我初始材料的选取有问题从而导致的溶液中材料的溶解率很大，还是软件本身的问题），非常感谢卢老师。 |
wanwen 发表于 2026-4-6 03:31 mdp虽然有一些没必要刻意写的设置，但没显著问题（至少是在我没看到体系结构的前提下）。但最好蛋白质和基底分成两个独立的控温组。 |
sobereva 发表于 2026-4-6 02:59 好的，谢谢卢老师，那我这里主要请教下老师生产的MDP文件有没有问题呢（另外我想请教叠加后，应关注什么部分，才能发现问题然后去解决呢）：title = Production MD 100ns define = -DMid_HAP ; 生产运行时移除位置限制！ ; Run parameters integrator = md nsteps = 50000000 ; 100 ns (100,000,000 steps * 0.001 ps) dt = 0.002 ; 1 fs ; Output control nstxout = 0 ; 不保存完整坐标（节省空间） nstvout = 0 ; 不保存速度 nstfout = 0 ; 不保存力 nstenergy = 5000 ; 每5 ps保存能量 nstlog = 5000 ; 每5 ps更新日志 nstxout-compressed = 5000 ; 每5 ps保存压缩轨迹 compressed-x-grps = System compressed-x-precision = 1000 ; 压缩精度 ; Bond constraints continuation = yes ; 从NPT继续 constraint_algorithm = lincs constraints = h-bonds lincs_iter = 2 lincs_order = 6 lincs_warnangle = 30 ; Neighbor searching cutoff-scheme = Verlet ns_type = grid nstlist = 20 rcoulomb = 1.2 rvdw = 1.2 ; Electrostatics coulombtype = PME pme_order = 4 fourierspacing = 0.12 ; Temperature coupling tcoupl = V-rescale tc-grps = Protein_HAP Water_and_ions tau_t = 1.0 1.0 ref_t = 310 310 ; Pressure coupling pcoupl = C-rescale pcoupltype = semiisotropic nstpcouple = 10 tau_p = 5.0 ref_p = 1.0 1.0 compressibility = 4.5e-5 4.5e-5 refcoord_scaling = com ; Periodic boundary conditions pbc = xyz ; Dispersion correction DispCorr = EnerPres ; Velocity generation gen_vel = no |
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这种事一律结合VMD里观看的轨迹，或者整个轨迹里不同帧的多帧叠加图判断怎么回事 绝对不能光凭RMSD曲线猜 上传一堆文件时，必须逐个说明每个都是干什么的，免得让别人猜、一个个打开看 另外，CHARMM27已经很过时了，不建议使用。非要用CHARMM力场的话优先考虑CHARMM36m |
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