sobereva 发表于 2026-4-7 03:24
100% packmol输入文件没写对。packmol当前版本建模时可以考虑周期性，记得这么做，免得和镜像盒子里的原 ...

好的，谢谢sob老师，方才尝试了一下，终于能稳稳的动起来了，十分感谢

方不惑 发表于 2026-4-6 18:41
老师，我是用的是packmol建立的模型，建的是10*10*35，但是出的盒子总是是正方体，老师我这边去修改一下 ...

100% packmol输入文件没写对。packmol当前版本建模时可以考虑周期性，记得这么做，免得和镜像盒子里的原子有不合理接触。
另外，最短边长10埃也偏小，会给动力学造成不可忽视的人为虚假性，最好再增加50%

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2026-4-6 17:29
9.5埃的盒子尺寸偏小了，初始结构的周期镜像之间有很多不合理的近距离接触。不知道是用什么软件构建的结构 ...

老师，我是用的是packmol建立的模型，建的是10*10*35，但是出的盒子总是是正方体，老师我这边去修改一下盒子大小再去作提交

9.5埃的盒子尺寸偏小了，初始结构的周期镜像之间有很多不合理的近距离接触。不知道是用什么软件构建的结构，哪怕是研究某个压强下特定密度/浓度的电解液、对盒子尺寸和分子数有固定要求，填充分子时也应该留一点空间而不是完全顶着盒子来，并且产生的结构应该放到如VMD里显示出周期镜像来检查。