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非正交盒子的cube文件也可以这样操作是很好的,期待multiwfn实现主功能0显示非正交盒子的格点数据等值面的一天。 顺便提供一个VESTA可视化方案。虽然VESTA可以载入Gaussian型cube文件获得格点数据和原子坐标,但会分成两个体系 (phase) 储存,其中第一个含有带盒子信息的格点数据、第二个含有不带盒子信息的原子坐标,通过Edit - Edit Data窗口的Phase和Unit cell两个面板可以确认。所以要先转换一下文件格式再观察,具体操作为: 1. 将原胞格点数据和原子坐标的cube文件载入multiwfn,但是先用1000 - 18设置晶胞信息与盒子信息相同,记下以Bohr^3为单位的Cell volume数据(如对此文的cube文件是15667.5921 Bohr^3),然后用100 - 2 - 37 - [回车]导出原胞的CHGCAR文件(不需要像本文拿VMD显示的那样把文件做成超胞的),最后0 - q优雅退出; 2. 用VESTA载入CHGCAR文件; 3. 按http://bbs.keinsci.com/thread-57577-1-1.html的4楼所说,由于VESTA除了盒子内的原子外也会根据距离判断成键、进而增加一些显示原子以使得边界处的分子没有被截断,所以需在Edit - Bonds的窗口中一个个点下面识别的键的种类,右上角Boundary mode都切换为Do not search atoms beyond the boundary,就能取消周期镜像的原子的显示了; 4. 在Objects - Properties - Isosurfaces里设置等值面的显示,参考我在另一个帖的操作,注意由于VESTA手册说了When these files are read in to visualize isosurfaces and sections, data values are divided by V in the unit of bohr^3,所以打算显示0.001 a.u.的等值面时应当设置Isosurface level为0.001/15667.5921 = 6.3826e-8的值; 5. 最后,在Objects - Boundary适当设置Ranges of fractional coordinates即可。 最终除了盒子框线显示原胞而非超胞以外,效果也很不错。
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