Huschein 发表于 2026-4-15 22:04
话说能不能随便推荐两篇光酶体系的QMMM模拟 我很好奇光酶怎么做

hhh其实大多都是实验+理论合作的，典型的模式是：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jacs.4c03879
这篇去年发的感觉除了光激发部分其他都解释得挺好的：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jacs.5c12802
这篇是专门研究电子转移过程的：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jacsau.4c00853

话说能不能随便推荐两篇光酶体系的QMMM模拟 我很好奇光酶怎么做

Huschein 发表于 2026-4-15 02:34
我没搞明白 首先你QMMM了还能扩到800原子体系呢？ 那为什么不只做QM cluster呢？ 其次加入水不加水都没什么 ...

因为我的体系是光酶，之前尝试抠过几个300原子左右的簇，发现它对于光激发电荷转移过程的模拟不太理想，主要体现在电荷转移的方向和波长上，而用QM/MM模拟的电荷转移过程与实验比较能对得上，所以现在就转来用QM/MM了。体系是QM区包括辅因子、底物和俩水共70个原子，周边的残基和水放入MM区，总共有800个原子在优化过程中可动，其余的被冻结。因为QM/MM只能计算数值频率，取大了结果可能要等很久，所以先用一个小的活动区来跑一下流程。我对整个活动原子区算振动分析本意是想说明结构合理，但我看您的解答突然意识到本身QM/MM优化出的结构对MM区的精度就很低，对整个体系做振动分析似乎本来就不应该期待MM区也一样没有虚频。

我没搞明白 首先你QMMM了还能扩到800原子体系呢？ 那为什么不只做QM cluster呢？ 其次加入水不加水都没什么错 但是QMMM算振动分析的意义是什么呢？你的TS又不是真正TS搜索算法算出来的 你的freq算出来水是大虚频也理所应当