M06-2X算这个比较危险，即便某些情况键长优化得还行，能量方面也可能很糟糕。除了PBE0以外也可以考虑TPSSh，算3d金属不错，不同自旋态之间能量差描述得整体也不错。

鉴于体系比较小、对精度有高要求，还牵扯Fe，即便是opt freq，基组起码用def-TZVP，用def2-TZVP更好

几点主要问题
1. 论文中是螯合物，你给的初始结构是水做其余配体，这两种配体性质差异十分巨大，会导致3d轨道能级结构不具有可比性。最基础的知识，水是弱场配体，N卟啉是强场配体。
2. 基组太小了，具体怎么选用基组sob老师的博文都有，Fe明显用6-31g**不合适，而且也没必要给H加极化。
3. PBE0可能不是你这个体系最适合的方法，我印象中不少文献表明，m062系列的方法会得到相对最可靠的3d金属配体键长。