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关于分子动力学模拟自体积和孔洞绘制的疑问

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发布时间: 2026-4-16 13:40

正文摘要:

本帖最后由 downpuor 于 2026-4-16 17:49 编辑 阅读了帖子中使用Multiwfn的自体积绘制有些疑问,文中是按照分子未占据空间/整个盒子计算得到的自由体积,这个和我根据gromacs计算得到的Free Volum相似(图1和图2) ...

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downpuor 发表于 Post on yesterday 17:53
sobereva 发表于 2026-4-16 14:49
本来图3、图4里空隙在盒子边缘、角落也有出现

老师,补充了一下我的绘制效果(图5),几乎是集中在盒子的四角,我想改善这种效果,尽可能展现的是盒子内部的自由孔隙分布,是否要从盒子的大小以及分子的数量进行调整?以及计算得到的自由体积分数FFV所表达的意义和通过Multiwfn绘制得到的Free volume图例,能解释为是对应的效果吗?
downpuor 发表于 Post on yesterday 17:47
pal 发表于 2026-4-16 14:20
周期性的盒子,在整个盒子里都有分布,就算是盒子角落同样也是分子内部

老师我还想问下,那这个41%的Free volume和23.7%的FFV表现的物理意义有什么不同吗,前者得到的总的Free volume是5.663nm^3 后者得到的是0.237*2.73*5=3.24
sobereva 发表于 Post on yesterday 14:49
想显示类似于图3和图4中文献这样空隙孔洞出现在分子内部而不出现在盒子角落的的效果

本来图3、图4里空隙在盒子边缘、角落也有出现
pal 发表于 Post on yesterday 14:20
周期性的盒子,在整个盒子里都有分布,就算是盒子角落同样也是分子内部

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