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对于大约有300-400原子的机械互锁分子，如何去优化结构？

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Theresa

发布时间: 2026-4-17 18:11

正文摘要:

老师好，我是一个计算化学新手，可能提问得很不专业。有个没有养出来晶体的分子，这是机械互锁分子，有pai-pai堆积的弱相互作用力。我需要在高斯上搭模型然后进行优化结构，但是跑了很久也没有跑出来，第一次在超 ...

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Theresa 发表于 Post on 4 hour ago

-HMDS- 发表于 2026-4-17 21:10
这种情况下你大概率要先在力场里面做一下构象搜索，不然你们办法确认初始结构是否接近全局最小点。

好的，谢谢！

-HMDS- 发表于 Post on yesterday 21:10

Theresa 发表于 2026-4-17 13:55
不是晶体里面抠出来的，这个没有养出来晶体。

这种情况下你大概率要先在力场里面做一下构象搜索，不然你们办法确认初始结构是否接近全局最小点。

Theresa 发表于 Post on yesterday 20:55

Voidmio 发表于 2026-4-17 20:50
初猜搭的好吗，是晶体里抠出来的吗，没有考虑先搜一下构象？

不是晶体里面抠出来的，这个没有养出来晶体。

Voidmio 发表于 Post on yesterday 20:50

初猜搭的好吗，是晶体里抠出来的吗，没有考虑先搜一下构象？

Theresa 发表于 Post on yesterday 19:15

-HMDS- 发表于 2026-4-17 19:10
没必要给氢加计划

分子太大建议力场或者3-21G走一遍，然后再拿得到的结构做b3lyp/6-31g(d)级别的计算。
...

谢谢你！我去试一下。

-HMDS- 发表于 Post on yesterday 19:10

本帖最后由 -HMDS- 于 2026-4-17 13:58 编辑

没必要给氢加极化

分子太大建议力场或者3-21G走一遍，然后再拿得到的结构做b3lyp/6-31g(d)级别的计算。

如果是纯CHO的结构的话，推荐wB97系列方法，对于弱相互作用会比其他的方法强很多。

可以的话，考虑在ORCA上算，ORCA在定义了合适的辅助基组后效率可以大大提升，而且个人使用体验来说，ORCA做SCF的效率要比Gaussian高不少。

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