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我推荐的做法：用GROMACS（速度甩M$好几条街还完全免费、流行度比M$高一个数量级以上）跑动力学之后，用VMD载入轨迹/gro文件，对疏水和亲水两类物质各创建一个representation，quicksurf方式显示，分别指定成蓝色和黄色。创建Representation用到的选择语句参考下文 VMD里原子选择语句的语法和例子 http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html） 北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）里的一个这种类型图的例子（体系尺度远小于你的图里的，材质和颜色也没进一步调整，故效果有差异） 
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