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为什么通过PBS作业管理系统提交的cp2k-2026.1作业存在CPU各干各的情况?

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发布时间: 2026-4-26 23:10

正文摘要:

本帖最后由 13799725819 于 2026-4-26 23:57 编辑 我在Ubuntu 18.04.6系统上安装了cp2k-2026.1程序,安装过程参考了Sob老师的网页(sobereva.com/586),也自动安装上了OpenMPI程序; 然后我使用PBS作业管理系统 ...

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Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 Post on yesterday 23:43
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ 于 2026-4-27 00:24 编辑
13799725819 发表于 2026-4-26 23:29
安装Intel MKL时,有Intel oneAPI DPC++/C++ Compiler & Intel C++ Compiler Classic等的安装。
在安装 ...

哪个程序在什么地方报错找不到Intel MKL,可以贴出具体的提示信息吗?按理说一开始就没有设置$MKLROOT环境变量的话toolchain不会去找MKL库。如果服务器没有提供module之类的专业环境管理工具,你也不完全清楚怎么样只让Intel MKL生效而不连带着启动Intel编译器、MPI,而且toolchain编译时就是用的如GNU编译器+OpenMPI等其他环境的话,完全没有用MKL安装工具链和CP2K的必要,不应该在提交作业脚本source这个setvars.sh。

我说的“有没有source”不止包括手动在命令行输入这个source指令,也包括~/.bashrc(用户)或/etc/profile(全局)等一登录系统就默认执行的命令。并且留心服务器可能有用户登录节点和作业计算节点的区别。

编辑:如果保存有toolchain的输出信息的话,请检查有没有Finding MKL from system paths的内容,有的话MKLROOT是哪个目录。
13799725819 发表于 Post on yesterday 23:29
本帖最后由 13799725819 于 2026-4-26 23:43 编辑
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2026-4-26 23:17
/opt/intel/oneapi/setvars.sh里面是不是除了MKL以外还有Intel OneAPI里编译器、MPI等相关的设置,在安装工 ...

系统上很久以前安装的Intel MKL,会有Intel oneAPI DPC++/C++ Compiler & Intel C++ Compiler Classic等的安装,在setvars.sh中没有搜索到“MPI”字段。
在安装工具链及编译CP2K本体之前并没有source这个setvars.sh,只是在投递作业时提示“找不到intel MKL”的报错,然后在PBS脚本中才加入的这个source语句,就不再出现“找不到intel MKL的报错”了。
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 Post on yesterday 23:17
  1. ## export cp2k-2026.1 path
  2. source /software/cp2k/cp2k-2026.1/tools/toolchain/install/setup
  3. export PATH=$PATH:/software/cp2k/cp2k-2026.1/exe/bin
  4. export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/software/cp2k/cp2k-2026.1/exe/lib

  5. ## export intel MKL path
  6. source /opt/intel/oneapi/setvars.sh
复制代码
/opt/intel/oneapi/setvars.sh里面是不是除了MKL以外还有Intel OneAPI里编译器、MPI等相关的设置,在安装工具链及编译CP2K本体之前有没有source这个setvars.sh?

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