求助：金属配合物-蛋白体系计算MMPBSA报原子类型错误

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发布时间: 2026-4-27 09:39

各位老师好，我的体系是常规蛋白+金属配合物（金属镓Ga），金属配合物的拓扑文件是参考sob老师的两篇教程: 1.http://sobereva.com/635 2. http://sobereva.com/soft/Sobtop/#ex4 ...

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crush 发表于 Post on 5 hour ago

sobereva 发表于 2026-4-27 11:09
不认UF原子类型（sobtop里UFF力场原子类型名字）
金属如果被配体充分包裹，其参数对结合自由能影响甚微， ...

好的，谢谢sob老师，金属Ga确实被配体分子包裹的很严实。我按照您的方法去试试

sobereva 发表于 Post on 5 hour ago

不认UF原子类型（sobtop里UFF力场原子类型名字）
金属如果被配体充分包裹，其参数对结合自由能影响甚微，可以找个GAFF支持的元素暂时替换

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