Daniel_Arndt 发表于 2026-4-27 20:48
我一般会用Gaussian 16里的generalized internal coordinates来实现这种scan。如果scan的结果还不行的话， ...

之前用ORCA的NEB太慢了，不知道是不是我设置有问题，后来体系一百多个原子的时候没再用过，怕算不动

wal 发表于 2026-4-27 18:06
对，就是这个意思。顺便也应该guess=read读一下波函数，不然对于某些体系可能收敛歪出去

guess=read脚本里有的，每新的一步都会读前一步的波函数

我一般会用Gaussian 16里的generalized internal coordinates来实现这种scan。如果scan的结果还不行的话，我会考虑用ORCA的NEB功能。

peifanli 发表于 2026-4-27 18:02
好像明白您的意思了，我根据初始坐标生成了一系列输入文件。但其实应该等上一步结束后再提取坐标，写输入 ...

对，就是这个意思。顺便也应该guess=read读一下波函数，不然对于某些体系可能收敛歪出去

wal 发表于 2026-4-27 17:19
不错的脚本。提个问题点：如果你的目的是柔性扫描，那么过程中每一步除了待扫描的坐标以外，周围的基团也是 ...

好像明白您的意思了，我根据初始坐标生成了一系列输入文件。但其实应该等上一步结束后再提取坐标，写输入文件。谢谢您的意见

不错的脚本。提个问题点：如果你的目的是柔性扫描，那么过程中每一步除了待扫描的坐标以外，周围的基团也是在做调整的，所以如果你以初始结构一次拉到底，可能会出现（1）后期的点，一些原子直接撞上。撞车的基团理论上应该随着柔性扫描步进而不断调整构象（2）跨过了一些本来不该跨过的能垒形成产物。
可能比较抽象，我举个例子，假如六螺烯能找到一些反应坐标扫描翻转过渡态，那你扫到一半的时候两个苯环百分之百撞车