王涛 发表于 2026-4-28 20:39 如果你的银铵与肽的结合位点是明确的，那就直接用量化去算相互作用能，肯定是更好的。如果你并不知道此肽与银铵的结合位点，那就通过Molclus做多个构想扫描，去算相互作用能，你说与文献里边结果不一致，难道你做的内容是文献中重复的内容吗？如果是，那你得看你的计算方法和他的谁更严谨，或许当时的那个文献里边的方法和精度并不如你，也许他的那个结合位点并不是最好呢？对吧，这个你自己心中得有一把尺去衡量。 |
jackshoulder 发表于 2026-4-28 19:54 我试过，我参考的是使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索 http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html (出处: 计算化学公社) 老师您说得对，我观察轨迹，这个铵根他就是在乱飞，有时会能待在结合口袋，有时又离短肽很远 我的总原子数在118左右 我算出结果过，算出来是-10.7kcal/mol，感觉和文献差的不是很多，而且文献里是真空环境我是溶液环境 但是我发现，我这个初始构象（比如不同铵根的放置位点）对GFN2-xTB下的结果是有影响的，所以才想着用MMGBSA或者MMPBSA方法去考虑构象对计算结果带来的影响 老师您是认为对于我这个体系用量子化学更好吗？如果用量子化学要如何考虑构象带来的影响呢？ 或者我去看下有什么方法能让铵根待在结合口袋附近 |
| 另外，如果你的肽不长，短肽和银胺总原子数不多，你可以用sob老师的Molclus去做构象搜索，然后用量子化学的方式去计算两者的相互作用能，以此来得出作用强度，这或许比MMGBSA或者MMPBSA方法得出的结果更好。 |
| 你这个，我认为是不合理的，首先，你5ns和50ns的RMSD可知，你的体系及其的不稳定，rmsd最大可到7nm，平均也在5nm(50ns体系）。我推测你的肽与你的那个阳离子根本就没有结合起来，因此算结合自由能完全就是扯淡。除非你提供肽与阳离子的的可视化结果，以证明你的阳离子的确与肽是结合的，不然你怎么提取轨迹去算结合自由能都是接近0的。从你计算的结果看，只能说明，你的阳离子与肽没有结合。请提供更多的模拟结果，不然无法准确分析。 |
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