单个UIO-66能量最小化之后，itp参数不好，整个分子缩成一团，如何优化？

查看数: 19 | 评论数: 3 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

发布时间: 2026-5-2 22:02

老师们，我现在仅模拟单个UIO分子，如下图1和2所示：按照我现在的经验来说，这是itp参数不行，但是现在找到的方法都不行，第一种是根据：sobtop+GROMACS模拟MOF、COF体系时可以用的快速计算原子电荷的方法：PA ...

回复 Reply

mtlin 发表于 Post on 1 hour ago

mtlin 发表于 2026-5-3 09:40
卢老师，已经是按照例10和FAQ 14考虑了周期性了，所以才想不懂为什么还会缩成一团

而如果是同样的方式取得UIO-66板（5 x 5 x 1）的拓扑文件，进行的任何模拟都没有此类问题

mtlin 发表于 Post on 2 hour ago

sobereva 发表于 2026-5-3 07:55
把sobtop主页（http://sobereva.com/soft/Sobtop）里各种产生周期性体系拓扑文件的例子一个字一个字认真看 ...

卢老师，已经是按照例10和FAQ 14考虑了周期性了，所以才想不懂为什么还会缩成一团

sobereva 发表于 Post on 4 hour ago

把sobtop主页（http://sobereva.com/soft/Sobtop）里各种产生周期性体系拓扑文件的例子一个字一个字认真看了，弄清楚怎么让sobtop能正确获得跨盒子的键的信息。倘若拓扑信息里跨盒子的键都不存在，体系成了孤立体系，当然能量极小化时会变形、坍塌

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register