dongzi 发表于 2026-5-19 09:53 还必须明确说原子电荷怎么得到的 还不如先只模拟膜部分,等膜自发收缩规整了,再把盒子里充满水。上来就在膜和水之间带一大块真空区十分莫名其妙 |
student0618 发表于 2026-5-18 18:47 感谢回复,我用的GAFF力场参数,初始的链是自己建膜跑的干膜结构,已经平衡了密度,与文献值符合一致 |
sobereva 发表于 2026-5-18 23:10 感谢社长大大回复,我用的GAFF力场参数,拓扑文件根据sobtop软件产生。 初始结构建的水-膜-水结构,考虑到膜比较散使用了较大的真空区 |
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初始结构留那么大真空区莫名其妙。一开始就应当浸在水里 力场参数对模拟结果有至关重要的影响,拓扑文件怎么产生的一概不提,这种问题没法回答 不要把Cl-作为单独的控温组。应当和与之耦合密切的水一起控温 |
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用什么力场参数、初始的链怎么预备的? 试试先跑聚酯膜盒子平衡好密度? |
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