计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 分子模拟 (Molecular Modeling) › 两万邻二甲苯分子体系NPT模拟崩溃求助

两万邻二甲苯分子体系NPT模拟崩溃求助

查看数: 61 | 评论数: 2 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

帖子模式

lts！

发布时间: 2026-5-20 14:53

正文摘要:

邻二甲苯分子首先用gaussian优化结构和频率分析，用multiwfn得到RESP电荷，然后用sobtop生成itp和top文件，其中键角键长力常数用mSeminario method方法得到，二面角力常数用GAFF2预建参数得到，然后用packmol在150nm ...

回复 Reply

sobereva 发表于 Post on 1 hour ago

认真把“FAQ 11：什么时候才需要Sobtop基于Hessian算力常数？”这部分看了
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ11

cpplh 发表于 Post on yesterday 20:55

盒子设的太大，邻二甲苯300k下是液体，密度约为0.88g/cm3，换算一下盒子边长应该是在16nm左右比较合理。你设置这么大的盒子，经过一段时间后，在范德华作用下，分子当然会自发聚集，因为原来离得太远了。并且对于邻二甲苯这种很普通的分子，没必要用mSeminario method拟合，直接用内置参数就行。

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register