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请教超短肽预测工具推荐

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发布时间: 2026-6-2 10:21

正文摘要:

我想要大量的预测超短肽(序列长度为6-7)的结构。本来想使用alphafold3来进行预测,但是遇到了报错。 我在使用alphafold预测一个六肽的时候出现报错 File "/data/apps/alphafold/3.0.0-4090/lib/python3.11/sit ...

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sobereva 发表于 Post on 9 hour ago
结合合适的蛋白质力场,如很好的AMBER19SB,或者在无序小肽方面表现更优的ff24EXP-GA(JCTC, 21, 2515 (2025),文中给了gromacs力场包),做动力学模拟,直接就能跑出来这么小的小肽的三维结构。注意很多很短的小肽并没有唯一稳定构象,用普通蛋白质结构预测工具预测也没意义。

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