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结合合适的蛋白质力场,如很好的AMBER19SB,或者在无序小肽方面表现更优的ff24EXP-GA(JCTC, 21, 2515 (2025),文中给了gromacs力场包),做动力学模拟,直接就能跑出来这么小的小肽的三维结构。注意很多很短的小肽并没有唯一稳定构象,用普通蛋白质结构预测工具预测也没意义。 |
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