完全没有任何必要先用M$搞一下，本来GaussView直接画的铵根的初始结构就已经不错了，用M$完全莫名其妙。M$里显示什么净电荷和之后用任何程序产生拓扑文件、产生原子电荷的过程也没有丝毫联系

“amber自带的命令” 完全指代不明。AMBER根本就没有这种命令，分清楚AMBER和AmberTools，并且把下文仔细看了

在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚、完整
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

当前问题和分子对接毫无直接联系，纯粹是产生铵根拓扑文件自己的事。

sobtop主页（http://sobereva.com/soft/Sobtop）对于怎么产生拓扑文件已经写得详细得不能再详细了，有不清楚的必须问具体
北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）里讲下面这个例子的部分就有完整的用sobtop产生多原子离子的拓扑文件的全过程。如果你对于GROMACS本身的使用逻辑还没搞清楚、缺乏基础、相关知识还稀里糊涂，强烈建议通过培训好好系统学一遍，能少走无数弯路