求助：非标准氨基酸封端问题

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发布时间: 2026-6-2 19:17

本帖最后由 Leafia 于 2026-6-2 22:10 编辑各位老师好，我目前正在尝试对一个包含非标准氨基酸（名为RTY）的环肽进行MD模拟。我正在参考论坛里的教程（使用 Sobtop 产生 rtp 文件）为这个 NCAA 建立 GROMACS ...

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sobereva 发表于 Post on 1 hour ago

C6：把PRO的含氮的环保留下来，截断处氢封端
C2：NME照常封端就完了，要更讲究些就把ASN整个酰胺部分保留下来
不需要模型体系的构象和实际情况必须一致，关键是从成键角度来说的化学环境尽量一致

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