| 可不可以把您的模型给我发一下,谢谢。zhaojie1986@sxicc.ac.cn |
| 楼主计算出来了吗? |
| 谢谢老师回复。 |
1130240115 发表于 2017-5-25 14:43 用杂化溶剂模型,最关键地方用显式水。看7L的回复。 |
fzt 发表于 2017-5-25 16:22 H+在水中是以水合形式H3O+存在的,在要脱氢的甲基旁边画个水,先优化复合物结构,然后把氢拉到碳和氧原子之间的位置作为过渡态初猜尝试找过渡态。此时也同样需要用SCRF模型表现其它区域水环境。 HF/3-21G太烂,甚至定性正确结果都可能得不到。起码B3LYP/6-31G*搞 |
| Sob老师,有个问题想请教一下。在这一例中,反应物和产物含有含氧官能团会与水形成氢键,且还含有离子。您在《谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算 》中的1.1中提到隐式溶剂模型的缺点是无法表现溶剂与溶质之间的强相互作用,如氢键。而且对于溶质是离子的情况,隐式溶剂模型计算溶解自由能的精度明显低于溶质是中性分子的情况。那么像这一例中含有含氧官能团和离子的情况,使用隐式溶剂模型还合适吗?但如果使用显式溶剂模型,又感觉太麻烦了。 |
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柔性扫描碳和要掉下去的氢的距离,看是否有尖峰,如果有的话,对照扫描轨迹判断峰位置的结构是否可以作为过渡态的初猜 注意计算时要带着隐式溶剂模型 |
本帖最后由 fzt 于 2017-5-25 13:12 编辑 sobereva 发表于 2017-5-25 02:09 抱歉啊sob老师,上传的时候可能出了点问题,其实就是一步在水溶液中很简单的烯醇化的过程,只是一直不知道过渡态如何去描述,尝试了很多种初猜结构都失败了。 |
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