student0618 发表于 2026-7-20 18:31
Sorce leaprc.water.tip3p是有NH4 参数， 我问是因为一楼说有用gaff 我以为有其他分子用到

最小化如果 ...

老师你好，我把4a改成CPU运行之后的out文件如下，我是看着没有error了

=== Step 4a: NPT equilibration (100 ps, 1 fs) ===
--------------------------------------------------------------------------
No OpenFabrics connection schemes reported that they were able to be
used on a specific port.  As such, the openib BTL (OpenFabrics
support) will be disabled for this port.

  Local host:           wqd10nba06g1
  Local device:         mlx5_bond_0
  Local port:           1
  CPCs attempted:       rdmacm, udcm
--------------------------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------
WARNING: Could not generate an xpmem segment id for this process'
address space.

The vader shared memory BTL will fall back on another single-copy
mechanism if one is available. This may result in lower performance.

  Local host: wqd10nba06g1
  Error code: 2 (No such file or directory)
--------------------------------------------------------------------------
[wqd10nba06g1:221487] 5 more processes have sent help message help-mpi-btl-openib-cpc-base.txt / no cpcs for port
[wqd10nba06g1:221487] Set MCA parameter "orte_base_help_aggregate" to 0 to see all help / error messages
[wqd10nba06g1:221487] 5 more processes have sent help message help-btl-vader.txt / xpmem-make-failed

王涛 发表于 2026-7-20 14:59
老师，我检查了轨迹，没有明显的原子跑开。
问题1：TIP3PBOX 为有空格，这个是我保存笔记到obsidian中自 ...

Sorce leaprc.water.tip3p是有NH4 参数， 我问是因为一楼说有用gaff 我以为有其他分子用到

最小化如果有约束可能令重叠的原子无法Relax，试了加一步不约束的最小化再继续

看轨迹这主要是看4a报错前一步发生了什么，通常崩溃前几步有问题的键会看出来。

没平衡的一开始先用cpu试跑，cpu的amber 较稳定。

student0618 发表于 2026-7-20 11:29
1. 检查轨迹，有没有明显的某原子跑开？离子结构是否稳定？
2. 先换 cpu 跑或换sander 跑一段，看看能不能 ...

老师，我检查了轨迹，没有明显的原子跑开。
问题1：TIP3PBOX 为有空格，这个是我保存笔记到obsidian中自己分开的，我检查了我运行的文件是没有问题的。我会改正题目中的错误。
问题2：
我生成生成未溶剂化复合物拓扑时，配体的写法是

1. ATOM     52  CD1 LEU A   7       3.592  -3.172  -2.315  1.00  0.00           C
   
2. ATOM     53  CD2 LEU A   7       5.581  -3.795  -0.947  1.00  0.00           C
   
3. ATOM     54  OXT LEU A   7       8.621  -0.600  -2.644  1.00  0.00           O
   
4. TER
   
5. HETATM   55  N   NH4 B   1       2.505   2.515  -5.930  1.00  0.00           N
   
6. TER
   
7. END

复制代码

我看网上说的是胺根离子是很常见的，amber力场f就有，不需要gaff。所以是应该加上GAFF2这一步吗

1. 检查轨迹，有没有明显的某原子跑开？离子结构是否稳定？
2. 先换 cpu 跑或换sander 跑一段，看看能不能跑

几个问题
TIP3PBOX 为什么有空格？
存prmtop怎么没source gaff2的leaprc?
怎么没Load 用gaff2的 分子的frcmod 和 lib?