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使用sobtop生成力场文件时闪退是什么原因？

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sj12138

发布时间: 2026-8-8 20:13

正文摘要:

我使用sobtop想生成一个OHT.pdb的力场文件。但是在assign_AT.dat文件中修改后键入5后总有一些Al和H识别不出来提示160 atoms do not have atom type currently 于是我在键入5后又键入6然后将H和Al手动选择。选择后键 ...

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sj12138 发表于 Post on 4 day ago

sj12138 发表于 2026-8-9 01:09
感谢sob老师，我按照您的方法检查了一下Al以24号和26号Al为例，为什么会识别出来他们两个成键那？我看了 ...

已解决，感谢sob老师

sobereva 发表于 Post on 4 day ago

sj12138 发表于 2026-8-9 00:26
但是sob老师，我想请教一下，
一.
为什么键入

诸如1209号H没识别出来，VMD里看一眼它的位置就知道明显不对，离Al太近。

你把sobtop.ini里ioutatminfo设为1，然后启动sobtop并载入pdb文件后，当前目录下的atminfo.txt里会看到各个原子判断的连接关系，可见1209H被判断成了与1190O和1204Al都形成了键：
1209H 36.012 29.556 5.956 0.00000 1190O 1204Al

sj12138 发表于 Post on 4 day ago

本帖最后由 sj12138 于 2026-8-9 00:27 编辑

sobereva 发表于 2026-8-8 22:47
你没有提供修改过的LJ_param.dat，我没法测试
并且请提供从一开始输入的完整命令

但是sob老师，我想请教一下，
一.
为什么键入
1//
5//
后，这里会提示160 atoms do not have atom type currently
我检查了一下，这160个原子全是Al和H，但是所有的Al都是6个配位，H都是表面羟基化的H都是只有一个键，为什么有的能识别出来有的识别不出来？
二.
为了识别所有原子我在上述操作后又键入
6//
Al//
al_oht//
6//
H//
h_oh//
0//
4//
回车//
回车//
后生成的itp文件中有部分的al_oht没有电荷
附上我生成的itp文件。

OHT.zip

209.93 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

sj12138 发表于 Post on 5 day ago

本帖最后由 sj12138 于 2026-8-8 23:04 编辑

感谢sob老师

已解决

LJ_param.dat

19.45 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

sobereva 发表于 Post on 5 day ago

你没有提供修改过的LJ_param.dat，我没法测试
并且请提供从一开始输入的完整命令

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