感谢大家的回复和建议，我再查一下文献看看。

我前陣子看過一篇paper
研究的是藥物小分子離開目標蛋白活性區的模擬
那篇使用的是accelerated molecular dynamics (aMD,AMBER)

Hundreds of nanosecond aMD simulations are enough to capture millisecond time scale events of unbiased MD simulations.
For instance, some reports have proved that 100 ns aMD simulations can give the same simulation results as that obtained from more than
10 ms unbiased MD simulations based on the crystal structure of GPCRs.
~Computational study on the interaction between CCR5 and HIV-1 entry inhibitor maraviroc: insight from accelerated molecular dynamics simulation and free energy calculation~

不過這部分因為我用不上沒有特別去深入研究 你可能要自行去看看AMBER官網的說明

另外一種方法就是用速度最快的GROMACS硬上
設備夠好體系夠小  一天數百奈秒似乎也是辦的到的

产物从活性位点中金属团簇上的脱离过程通过QM/MM或者QM/PCM可以直接计算出Energy Profile，然后通过过渡态理论得到这一过程的动力学信息吧，
然后从活性位点口袋扩散到溶液中的过程可以通过MD/SMD进行计算。但是SMD计算的时候拉伸的方向对结果的影响比较大，我觉得不太可信啊。