如何在leap中加水盒子时使其紧贴膜？

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发布时间: 2017-6-6 15:52

本帖最后由 tomwong4253 于 2017-6-6 15:52 编辑各位，本人遇到一个小困惑。手上有一个已经构建好参数的膜结构，中间被我挖空了一块准备插入不同的通道蛋白，计算蛋白对离子的选择透过性。在AMBER中我发现加 ...

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tomwong4253 发表于 Post on 2017-6-6 18:24:00

sobereva 发表于 2017-6-6 17:03
难免有缝隙。只要一开始别把水加到磷脂层的区域里，模拟之后很快边缘就并拢了。如果有水钻进去，模拟初期把 ...

感谢Sob大人回复=w=

sobereva 发表于 Post on 2017-6-6 17:03:10

难免有缝隙。只要一开始别把水加到磷脂层的区域里，模拟之后很快边缘就并拢了。如果有水钻进去，模拟初期把水在Z方向加限制势

嫌leap建模不方便用packmol也行。或者用VMD的选择语句清掉磷脂层区域的水。

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