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关于应用柔性扫描做构象搜索的一些疑惑

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发布时间: 2017-6-8 21:06

正文摘要:

背景: 以下化合物的1H NMR谱图中出现了明显的两组峰,推测是由于该化合物中某单键的旋转而导致,现想结合计算对该现象进行解释。ps: 有该化合物的单晶数据。 思路: 1. 以单晶结构为初猜进行结构优化,然后 ...

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小强 发表于 Post on 2017-6-9 20:49:07
airyang 发表于 2017-6-9 19:26
我觉得如果盲目枚举法扫构型,省心但是总是缺了点儿化学概念。

如果能确定是哪个位置的氢,扫描时候你可 ...

谢谢回复!之所以有这想法,是因为从谱图上来看,很多基团的氢均存在两组峰,比如说苯环的氢,丙基的氢,胺基氢;不好确定这到底是因为哪个基团的旋转或者哪几个基团旋转而导致的,所以才想到尝试构象搜索寻找能量最小点结构的方法。不过你贴的文献给了我一些启发,我好好看看。再次谢谢你!
airyang 发表于 Post on 2017-6-9 19:26:12
我觉得如果盲目枚举法扫构型,省心但是总是缺了点儿化学概念。

如果能确定是哪个位置的氢,扫描时候你可以省事儿些,重点考虑那个氢周围的旋转,比如苯环扭转导致屏蔽或者去屏蔽。

你的化合物有两个芳环,可能就会有类似上面这个文献截图的情况。而且因为有俩芳香环,最后算能量时候,要选能描述弱相互作用的方法,要不然可能算出来的分布对不上实验数据。



小强 发表于 Post on 2017-6-9 10:59:51
sobereva 发表于 2017-6-8 23:32
要用自由能来比较,因为这与波尔兹曼分布直接联系
根据Boltzmann分布计算分子不同构象所占比例
http://so ...

谢谢老师解答,这会思路更清晰点了,我再研究研究。
sobereva 发表于 Post on 2017-6-8 23:32:01
要用自由能来比较,因为这与波尔兹曼分布直接联系
根据Boltzmann分布计算分子不同构象所占比例
http://sobereva.com/165

效率高又准确,也非常方便的构象搜索方式参考
gentor:扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2388

一次只扫描一个二面角显然不行。

当有基团可以很容易地旋转从而令构象快速变化,只考虑一个构象显然不行,因为NMR此时得到的是平均的信号。但是如果为了省事只想考虑一个,那就用自由能最低的构象。

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