sobereva 发表于 2017-12-24 14:16 好的，谢谢老师 |
yanmu 发表于 2017-12-24 11:53 按照不想要的虚频模式稍微移动结构重新找过渡态 |
sobereva 发表于 2017-6-19 18:35 老师，用# opt=(calcall,noeigen,ts) freq m062x/6-31g(d) 找了一个过渡态但是有两个虚频，一个90多的虚频对应甲酸根挤掉乙酸，另一个虚频是30左右对应的是乙酸根上的甲基旋转振动，想要的振动是第一个，怎么把第二个虚频去掉呢？谢谢老师 |
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本帖最后由 yanmu 于 2017-10-16 17:35 编辑 计算了一个过渡态，胺上的N亲核进攻醇胺上的C，脱去一分子水，生成缩醛胺，然而计算的能垒比较高，40多kcal,想着用一分子水去协助降低能垒，可是过渡态一直调不好，一直有内坐标出错，要不就是振动模式不太对，不知道该怎么办了，我已经试过了50多次了。希望听听老师的建议，谢谢老师。 |
sobereva 发表于 2017-10-11 21:32 好的，谢谢老师 |
yanmu 发表于 2017-10-11 20:44 B3LYP下，IRC跑长一点，末端优化时减小步长上限且用calcall再试 有机体系用B3LYP一般不会给出定性错误的结果 实在没辙再通篇用M062X，反正不能混着用，交代不清 |
sobereva 发表于 2017-10-11 18:14 恩恩，是用的m062x，只是对同一个过渡态用b3lyp和m062x做irc的结果和取irc最后一个点优化后的结构不一样，我整个反应是用b3lyp计算的，但只有那一步只有用m062x取irc的最后一个点优化能得到想要的结构，所以要通篇改成m062x吗？ |
yanmu 发表于 2017-10-11 12:00 有机反应用M06-2X比B3LYP和M06都更可靠。M06不是给有机体系用的 成不成键看键长度、键级等指标，不要看gview有没有判断成键 |
sobereva 发表于 2017-6-19 18:35 老师你好，对找到的一个过渡态做irc，取最后一个点用b3lyp优化时，其中有个C-O键没成，但是用m06时C-O成键，我的其他基元反应都一直用的b3lyp,这样的话是不是要将所有的反应物中间体过渡态都要换成m06呢。 |
yanmu 发表于 2017-9-26 07:53 用calcfc对收敛有益，但更耗时 做振动分析、走IRC |
sobereva 发表于 2017-9-25 21:27 直接用opt=cartesian，还是opt=（cartesian,calcfc）.如果不用提交，怎么保证找到的过渡态是正确的，没有人检查的吗？ |
yanmu 发表于 2017-9-25 21:22 opt里写cartesian 不用提交 |
sobereva 发表于 2017-6-19 18:35 老师，我找到了一个过渡态，并做了irc,# irc=(calcall,maxstep=5,notrust) m062x/6-31+g(d),但是取最后一个点做几何优化时#p opt=calcfc freq pop=nbo m062x/6-31+g(d) 却出现了 Error in internal coordinate system的错误，这时候该怎么解决？如果要发文章的话，这种IRC文件要提交的吗？但是作irc向后产物连接不到你想要的那个结构时，怎么办？ |
sobereva 发表于 2017-9-15 22:10 谢谢老师 |
yanmu 发表于 2017-9-15 21:23 看此文，直接给了质子气相下的热力学数据 J. Phys. Chem. A 2014, 118, 11090−11097 |
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