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使用Multiwfn绘制构象权重平均的光谱

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发布时间: 2017-6-23 03:59

正文摘要:

使用Multiwfn绘制构象权重平均的光谱Using Multiwfn to plot conformationally averaged spectrum 文/Sobereva @北京科音First release: 2017-Jun-23  Last update: 2020-Jun-18 1 前言 众所周知, ...

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liuhe 发表于 Post on 2022-3-23 18:54:28
sobereva 发表于 2022-3-23 13:51
当然有意义,即便2号构象没有明显的ECD信号,由于它占了权重,自然也影响了权重光谱。

你若只想清楚地 ...

了解,谢谢sob老师
sobereva 发表于 Post on 2022-3-23 13:51:40
liuhe 发表于 2022-3-23 10:01
老师,这权重平均的光谱不就没意义了,怎么调整才能表现出来?还是只能单独做ECD谱了

当然有意义,即便2号构象没有明显的ECD信号,由于它占了权重,自然也影响了权重光谱。

你若只想清楚地看2号构象的ECD图,单独对这个构象绘图就完了。
liuhe 发表于 Post on 2022-3-23 10:02:33
wzkchem5 发表于 2022-3-22 16:09
看一下是不是蓝色线在这个区域里没有吸收,和x轴重合了

看到了 老师 有什么办法调整吗?
liuhe 发表于 Post on 2022-3-23 10:01:52
sobereva 发表于 2022-3-23 08:21
32.8%的蓝色曲线显示出来了,仔细看,几乎和Y=0是重合的,说明这个构象虽然Boltzmann分布比例大,但是其E ...

老师,这权重平均的光谱不就没意义了,怎么调整才能表现出来?还是只能单独做ECD谱了
sobereva 发表于 Post on 2022-3-23 08:21:34
liuhe 发表于 2022-3-22 15:02
sob老师,我这波尔兹曼分布最大的蓝色线(32.8%)怎么没有显出来?,还有其他较低分布的线也没有表现出来, ...

32.8%的蓝色曲线显示出来了,仔细看,几乎和Y=0是重合的,说明这个构象虽然Boltzmann分布比例大,但是其ECD信号非常弱,单独画的时候几乎看不到
wzkchem5 发表于 Post on 2022-3-22 16:09:52
liuhe 发表于 2022-3-22 08:02
sob老师,我这波尔兹曼分布最大的蓝色线(32.8%)怎么没有显出来?,还有其他较低分布的线也没有表现出来, ...

看一下是不是蓝色线在这个区域里没有吸收,和x轴重合了
liuhe 发表于 Post on 2022-3-22 15:02:58
本帖最后由 liuhe 于 2022-3-22 15:06 编辑

sob老师,我这波尔兹曼分布最大的蓝色线(32.8%)怎么没有显出来?,还有其他较低分布的线也没有表现出来,根据博文里做的
wzkchem5 发表于 Post on 2020-12-15 14:56:20
wangchunchun 发表于 2020-12-15 11:40
sob老师您好,因为我是想算构象权重平均红外光谱,就需要考虑构象的比例,但是我本来打算做的光谱是气相 ...

你到底要做气相里的光谱还是溶剂里的光谱?
如果你研究的就是气相,当然不需要加溶剂。sob老师的意思是,当你研究的是溶剂里的过程时,必须考虑溶剂效应,不是说即使你研究的是气相过程也要考虑溶剂效应。
wangchunchun 发表于 Post on 2020-12-15 11:40:06
本帖最后由 wangchunchun 于 2020-12-15 11:41 编辑
sobereva 发表于 2020-12-14 01:22
你要算红外光谱,和单点能有什么关系?你也没体现你为什么要提到溶剂。

sob老师您好,因为我是想算构象权重平均红外光谱,就需要考虑构象的比例,但是我本来打算做的光谱是气相的不加溶剂的,所以我最开始做的是用气相条件下振动的输出文件,以及更高级别的基组算出来的单点能的电子能量,把这两者放到shermo里算构象占比。
可是在看“使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据”这篇博文的时候 ,里面说构象分布比例必须恰当考虑溶剂效应。
所以我想请问一下,照这样看如果我想做一个构象权重平均红外谱是不是也得做溶剂条件下的,否则由气相条件下的振动输出文件和由气相条件下的单点能计算得到的电子能量来得到的构象分布是不行的
sobereva 发表于 Post on 2020-12-14 01:22:46
wangchunchun 发表于 2020-12-13 14:36
sob老师,您好,请教一个问题,我先在气相条件下算了脂肪酸分子的优化和振动,我是需要计算一个脂肪酸分子 ...

你要算红外光谱,和单点能有什么关系?你也没体现你为什么要提到溶剂。
wangchunchun 发表于 Post on 2020-12-13 14:36:38
sob老师,您好,请教一个问题,我先在气相条件下算了脂肪酸分子的优化和振动,我是需要计算一个脂肪酸分子在气相条件下的红外光谱,那单点能的计算需要加溶剂吗
sobereva 发表于 Post on 2020-10-10 00:35:32
wangchunchun 发表于 2020-10-8 17:13
尊敬的sob老师,请问如果要计算某分子在溶剂下的权重分布比例,我知道单点能是需要在溶剂条件下计算,那请 ...

只要体系局部不显离子性,气相还是溶剂模型下做opt freq皆可
没有判断能力就一律在溶剂模型下做opt freq
wangchunchun 发表于 Post on 2020-10-8 17:13:37
尊敬的sob老师,请问如果要计算某分子在溶剂下的权重分布比例,我知道单点能是需要在溶剂条件下计算,那请问老师,优化振动文件也需要在溶剂下计算吗?还是说优化振动文件使用气相条件下的输出文件呢
sobereva 发表于 Post on 2020-6-18 19:46:02
ggdh 发表于 2020-6-12 16:48
21 Toggle showing weighted curve, current: No
建议这里加一个状态:only。就是只显示weighted curve, ...

我今天更新了multiwfn 3.7(dev),进入选项21之后,可以选择只显示权重的光谱、只显示每个体系的光谱,以及将它们同时显示。

另外你在群里提到的载入多体系时设置振子强度的功能也已经改进了,目前可以通过范围语句选择要修改振子强度的体系序号
sobereva 发表于 Post on 2020-6-13 00:37:34
ggdh 发表于 2020-6-12 16:48
21 Toggle showing weighted curve, current: No
建议这里加一个状态:only。就是只显示weighted curve, ...

N天之后我会加上,届时通知你

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