GV打开保存为gjf的话，GV只是提取坐标并没有做任何改动，而且一般MM2不会把本来不镶嵌的苯环优化成镶嵌（能量显然会剧增），所以估计是chemdraw到chem3D出问题。试了一下从chemdraw复制粘贴到chem3D重现了苯环镶嵌的问题，毕竟用平面结构图画体积比较大的立体分子很容易会叠合，然后chem3D就识别错误了。建议如sober老师所说先观察MM2优化完毕后的结构合不合理，本例就需要手动移动原子，让镶嵌的环解开，再运行一次MM2优化，结构就比较合理了。或者用GV里面的custom fragment把咔唑环以不会重叠的角度接上苯环，再优化也可以

这个分子在HF/3-21G水平下有一个C2点群的构型（极小点），三个咔唑环与中间的苯环交错、彼此同向，苯环保持平面，应该是能量最低的构象（待确认）；用MM2或者PM6-D3优化的话还有个与3L给出的初始结构相似的构型（还有几个和C2构象相差几十kcal的构象），中间的苯环因为咔唑环的位阻已经不是平面，PM6-D3的gibbs自由能和C2构型相差约45kcal/mol

bomsaude 发表于 2017-7-8 02:16
简单画了一下，gv中扫把一扫，空间位阻太大，苯环都不在一个平面上了，优化看看怎么样？

C             ...

关于Clean用法这里有讨论
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... &extra=page%3D1

简单画了一下，gv中扫把一扫，空间位阻太大，苯环都不在一个平面上了，优化看看怎么样？

C                  0.57877931    3.33990243    0.11674414
C                 -0.80369273    2.86657666   -0.46660628
C                 -0.90134452    1.27883358   -0.73640265
C                  0.35751646    0.63220949   -1.37039283
C                  1.69241337    2.69448341   -0.79194152
C                  1.66228279    1.07101039   -0.76766216
C                  2.66177144    3.44579520   -1.72966715
N                  3.30499227    4.01606674   -2.49721864
C                 -1.97708200    3.77716929   -0.88742393
N                 -2.85432966    4.45799907   -1.20217760
C                  3.43800119    5.36726947    1.22588341
C                  3.80798620    6.35471074    0.09077925
C                  3.43525369    7.76854719    0.54392954
C                  1.94466055    7.79659689    0.25511343
C                  1.23584557    6.69826343    1.11437425
C                  1.88036266    5.28245832    1.24850442
N                  0.83089270    4.14380145    1.35440993
C                 -0.16395543    6.54659297    1.55971964
C                 -0.25393156    5.04791361    1.97373057
C                 -1.43685230    4.78245725    2.93502178
C                 -2.62896496    5.55546758    2.38636886
C                 -1.45476248    7.41450161    1.51218333
C                 -2.36276411    7.05035607    2.67970048
C                 -3.81193599    1.27349801   -2.45221175
C                 -4.81985483    2.42886415   -2.22475865
C                 -6.04810412    1.77967757   -1.52973395
C                 -5.60473629    1.57423888   -0.07262166
C                 -4.40056888    0.59319782   -0.01752740
C                 -3.31343568    0.72390225   -1.08556480
N                 -1.92957738    0.27466145   -0.62468547
C                 -3.83768171   -0.31229597    1.00254354
C                 -2.41116405   -0.58499519    0.49932503
C                 -1.74930731   -1.84552643    1.10882732
C                 -2.09471337   -1.97343554    2.57482651
C                 -4.25824161   -0.85977827    2.37861423
C                 -3.62330561   -2.23804212    2.58596802
C                 -2.10800886   -1.36011109   -3.50242268
C                 -3.16873850   -2.17289376   -2.70074724
C                 -2.70573730   -3.65254778   -2.70022127
C                 -1.53718066   -3.68785170   -1.70772387
C                 -0.40285513   -2.78179153   -2.21826270
C                 -0.73196994   -1.36351950   -2.77379338
N                  0.38106305   -0.30101201   -2.54615370
C                  1.03811565   -2.80241208   -2.06962095
C                  1.48709721   -1.41133331   -2.60579049
C                  2.94419775   -1.48564104   -3.14891182
C                  3.86683815   -2.33591634   -2.21029835
C                  2.06277974   -3.78017106   -1.44686904
C                  3.33659560   -3.79182573   -2.27875428
C                  1.70314582   -0.11313033    2.33510706
C                  1.48298990   -1.46977046    3.03318305
C                  2.86451361   -1.92169901    3.59058681
C                  3.67671922   -2.34426149    2.36207090
C                  3.86366339   -1.15136789    1.41400377
C                  2.60558518   -0.35882043    1.10281589
N                  2.57600141   -0.02749194   -0.35041740
C                  4.87673409   -0.65583325    0.45065843
C                  4.05006785    0.29458088   -0.42668013
C                  4.91431047    1.37651841   -1.12695577
C                  6.18784330    0.73371238   -1.69595613
C                  6.33583046   -0.97251760    0.04873976
C                  7.02236759    0.28945281   -0.47281826
H                 -3.57849341    0.86996680   -3.40400450
H                 -4.68172084    3.47985498   -2.44184447
H                 -6.97781749    1.48435654   -1.99430402
H                 -6.00872533    2.12680269    0.75773710
H                 -4.80440174   -0.32871004    3.11913476
H                 -4.10846243   -3.18166582    2.66035184
H                 -1.44593611   -1.85136675    3.41854646
H                 -1.21191671   -2.57503249    0.55399213
H                 -2.27887819   -0.92994946   -4.46485699
H                 -4.02386209   -1.78571594   -2.18783913
H                 -3.08471410   -4.46894050   -3.31470376
H                 -1.55384951   -4.18687273   -0.77582717
H                  1.94077550   -4.29560842   -0.51848888
H                  3.73882184   -4.61714531   -2.84724083
H                  4.66644577   -1.97959696   -1.59429532
H                  3.26202699   -1.09266006   -4.08995472
H                 -1.44908688    4.24715807    3.87201829
H                 -3.45452303    5.16432059    1.84474586
H                 -2.71411467    7.60639926    3.52448906
H                 -1.73355075    8.10371185    0.68861471
H                  1.48309521    8.40308336   -0.51817260
H                  4.09135776    8.51344339    1.01010150
H                  4.18856685    6.10116299   -0.87045568
H                  4.13814495    4.91299336    1.87868243
H                  1.36574686    0.84097303    2.69210374
H                  0.56059240   -2.03255542    3.06319602
H                  3.18575026   -1.89568482    4.59273091
H                  3.96470762   -3.35741937    2.14848271
H                  6.76281470   -1.94505071    0.01945093
H                  7.86272697    0.78696173   -0.04785832
H                  6.42313784    0.57410411   -2.74130806
H                  4.71052109    2.41638741   -1.12856345

chem3D里看到的MM2优化完了结构合理不？如果合理，那必然是后续的事，操作问题。