如何计算文献中的probability distribution

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发布时间: 2017-7-15 09:40

在Drude力场的一篇文献中通过对Ala5的MD模拟计算了三种不同构象C5，aR和PPII的probability distribution，然后绘制成figure 2. 请问这个probability distribution是怎么计算出来的？

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sobereva 发表于 Post on 2017-7-15 17:53:22

jackie 发表于 2017-7-15 15:11
这个概率密度是怎么求出来的？哪个工具可以直接作出这个数值分布嘛老师

参看此文，里面的小程序ddtdp就把散点数据转化成了概率密度
浅谈PCA与g_covar+g_anaeig+ddtdp+sigmaplot做自由能面图的方法
http://sobereva.com/73

jackie 发表于 Post on 2017-7-15 15:11:40

sobereva 发表于 2017-7-15 12:10
就是绘制rama图，然后你可以用现成的工具或者自己写的工具把(phi,psi)散点数据转化成图中各个小微元的概率 ...

这个概率密度是怎么求出来的？哪个工具可以直接作出这个数值分布嘛老师

sobereva 发表于 Post on 2017-7-15 12:10:25

就是绘制rama图，然后你可以用现成的工具或者自己写的工具把(phi,psi)散点数据转化成图中各个小微元的概率密度来绘制成填色图

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