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gromacs分析模拟粘度问题

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发布时间: 2017-7-22 20:13

正文摘要:

老师好,请问在gromacs中用g_tcaf命令得到的visc_k.xvg文件,如下图。可以在图中求平均值然后当做体系的粘度吗?我试着做了一下平均值,发现跟实验值差了约100倍,不知道是应该坐标调整100倍,还是这种方法就是不对 ...

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chieko 发表于 Post on 2024-8-30 15:49:28
mol 发表于 2018-12-11 10:42
这个不是要用函数拟合,然后外推到k=0的情况下的y值才是粘度吗?

请问一下老师和题主,这里拟合的函数有什么讲究呢?
按照gmx官方的说法,The k-dependent viscosities in the -ov file should be fitted to eta(k) = eta_0 (1 - a k^2) to obtain the viscosity at infinite wavelength. 我就是按照这个方程去拟合eta_0的。
不过有的时候感觉上式的拟合很不好,反而是线性或者其他形式的拟合更好。。。可以用别的方程拟合k = 0时候的eta吗?谢谢!
mol 发表于 Post on 2018-12-11 10:42:25
这个不是要用函数拟合,然后外推到k=0的情况下的y值才是粘度吗?
coolrainbow 发表于 Post on 2017-7-25 05:14:54
还有种可能是体系已经结冰了,根本就不是液体

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