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画RDG等值面填色图,遇到一个奇怪问题

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发布时间: 2017-7-22 22:48

正文摘要:

已知,红色(或黄色):位阻效应;绿色:范德华作用;蓝色:氢键作用。 问题:RDG等值面一面是黄色,一面是蓝色,中间夹杂着绿色,怎么解释?

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sobereva 发表于 Post on 2017-7-24 03:24:50
beefly 发表于 2017-7-23 09:13
谢谢提示!我发现黄色旁边有一个极强的位阻区域(位于苯环的中心),是不是由于该位阻太近,导致这一面的 ...

1 你的推测我认为有道理。

2 还是得结合具体结构讨论。如果通过几何关系能大致判断某个地方应该会有氢键,而且氢键作用区域的RDG等值面又是发青、偏蓝,就能当做是氢键。
beefly 发表于 Post on 2017-7-23 09:13:26
sobereva 发表于 2017-7-22 22:59
这算是比较challenging的情形,由于RDG等值面包围的空间有一定厚度,而电子密度在这个区域内又有可察觉的变 ...

谢谢提示!我发现黄色旁边有一个极强的位阻区域(位于苯环的中心),是不是由于该位阻太近,导致这一面的位阻效应略强一些出现黄色区域呢?

又:根据这篇文章的说法(http://sobereva.com/68):“只靠范德华这种很弱作用力结合的复合物,在平衡状态下不会有位阻区域产生,除非是很强的范德华作用,如π-π堆叠”。既然存在位阻,只要AIM分析可以排除强范德华作用,就可以认为是氢键了吧?
我本是个娃娃 发表于 Post on 2017-7-23 08:16:24
sobereva 发表于 2017-7-22 22:59
这算是比较challenging的情形,由于RDG等值面包围的空间有一定厚度,而电子密度在这个区域内又有可察觉的变 ...

可不可以这么理解,纯色的RDG更具有讨论意义?
sobereva 发表于 Post on 2017-7-22 22:59:37
这算是比较challenging的情形,由于RDG等值面包围的空间有一定厚度,而电子密度在这个区域内又有可察觉的变化,导致两个面颜色不同。由于没法说哪个面更有意义,我看还是用对应的键临界点的属性来讨论为宜。

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