赵云跳槽 发表于 2017-8-24 09:36
这是啥软件，显示电荷好清楚，高斯显示的电荷不清楚？

pymol

这是啥软件，显示电荷好清楚，高斯显示的电荷不清楚？

tianflame 发表于 2017-8-21 12:00
可以参考这个amber的教程，如何获得非标准残基的电荷

http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial1 ...

灰常感谢

可以参考这个amber的教程，如何获得非标准残基的电荷

http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial1/section1.htm

用(2)肯定是不行的，有悬键，导致体系电子结构很不合理
这种情况应当把残基的两端用乙酰基和甲胺基封闭，然后当做一个普通分子搞参数。然后适当人工调节原子电荷，使得残基的电荷为整数。