sobereva 发表于 2017-9-11 17:02
力常数小的就是柔型变量，数值受周围影响大，否则就是刚性变量

好的，谢谢老师！

万卷书万里路 发表于 2017-9-11 09:29
谢谢老师！
我不太明白柔性变量和刚性变量的区别，可以转的是柔性变量吧，二面角这种，那环上的键角和键 ...

力常数小的就是柔型变量，数值受周围影响大，否则就是刚性变量

sobereva 发表于 2017-9-11 07:13
通常可以。但是也不排除个别X光衍射实验结果比较离谱，有bug。另外如果解析度比较低的话，重原子位置也 ...

谢谢老师！
我不太明白柔性变量和刚性变量的区别，可以转的是柔性变量吧，二面角这种，那环上的键角和键长是刚性变量吗？
请问老师我的理解对不对，或者您能不能简单说下刚性变量是指哪一些？

感谢~

万卷书万里路 发表于 2017-9-10 21:55
嗯，谢谢老师！那除了氢的位置不确定，其余的C/O/S/N 还是可以作为参考标准的吧？

现在是拿到了一个材 ...

通常可以。但是也不排除个别X光衍射实验结果比较离谱，有bug。另外如果解析度比较低的话，重原子位置也不可靠。

只能比较刚性变量。对于柔型变量，真空下优化的结构往往和晶体环境中的结构相差很大。比如尿素分子在晶体中是平的，但是在真空下则不是平面。

sobereva 发表于 2017-9-10 05:33
对于考察只涉及重原子的变量，只要X光衍射解析度足够高，而且变量是刚性变量，比如配合物的配位键，那 ...

嗯，谢谢老师！那除了氢的位置不确定，其余的C/O/S/N 还是可以作为参考标准的吧？

现在是拿到了一个材料的单晶结构，除了氢原子就是CNOS了，也没有配位键。
我想测试一个方法优化该结构的好坏，我可以利用单晶数据，把里头的氢隐藏，然后单晶结构的C-C键长/键角/二面角与优化好的键长/键角/二面角比较吗，这种比较的结果能不能被认可？

万卷书万里路 发表于 2017-9-9 17:06
李老师，这一句“Gaussian等量化程序优化的是气相（或溶液相）结构，而晶体结构是堆积在一起的，有分子间 ...

对于考察只涉及重原子的变量，只要X光衍射解析度足够高，而且变量是刚性变量，比如配合物的配位键，那么可以以X光衍射的结果为参考评判理论计算值。
氢原子位置通常没法靠X光衍射确定，必须自己优化。

现在很多测试都是以高精度理论值作为参考，诸如优化可以用CCSD结合高质量基组优化的结果为参照，结合能可以用CCSD(T)/CBS当金标准。但如果算不动就没辙了

liyuanhe211 发表于 2017-8-22 18:32
Gaussian等量化程序优化的是气相（或溶液相）结构，而晶体结构是堆积在一起的，有分子间相互作用，所以优化 ...

李老师，这一句“Gaussian等量化程序优化的是气相（或溶液相）结构，而晶体结构是堆积在一起的，有分子间相互作用，所以优化的结果与晶体结构有一定差别不一定说明优化的质量差。”，
如果不与实验上获得的晶体结构里的分子结构参数作比较，请问那怎么判断一个优化方法质量的好坏呢？

还是说，像6楼的老师说的“做个中子或者电子衍射做数据支持”，这样的结构才有可信度，更适合做优化质量的评价？
谢谢！

木易金豆 发表于 2017-8-23 08:34
HG不是汞光源，只是我用HG软件打开单晶做的一个标注，谢谢您的回复，我还是收获很大

X光衍射做的是电子散射，不用看散射截面，原子核外电子数越多，散射能力自然强，所以重元素那头不确定度低，轻元素那边不确定度高，但实验数据不会差的离谱，斯德哥尔摩大学的Xiaodong Zou做的衍射实验精度高，今年的丹佛会议你是应该去的BTW，我特崇拜能做单晶的人，所以我基本只做粉末；下面这篇文章有大概讲为什么现在流行做非光子衍射
https://www.google.com.au/url?sa ... s_bNbYvnjaMugjMzgkQ

木易金豆 发表于 2017-8-23 08:40
谢谢老师回答，我会去优化一下的。
另外，需要问老师的问题就是，如果按您指出的，单晶结构不一定很准确 ...

我会用M06/[def-TZVP+LANL2TZ(f)]，你已经有的M06/[6-311G(d)+SDD]也差不多，可以在ORCA里用双杂化泛函算个单点，例如DSD-PBEP86/def2-QZVP，另外记得合适的考虑溶剂化

liyuanhe211 发表于 2017-8-23 09:45
你想通过计算来说明溶液中的行为还是固体的行为？

溶液中的行为

木易金豆 发表于 2017-8-23 08:40
谢谢老师回答，我会去优化一下的。
另外，需要问老师的问题就是，如果按您指出的，单晶结构不一定很准确 ...

你想通过计算来说明溶液中的行为还是固体的行为？

1）晶体要算热力学性质，可通过算声子谱计算进而获得。
2）单晶结构质量是可以通过cif文件的某一个参数判断，早期的可能没那么靠谱，近期的都还是比较靠谱的。
3）纯粹量化而不考虑第一性手段是做不好晶体计算的，当然后者入门门槛稍高。

小范范1989 发表于 2017-8-23 08:06
搜索ONIOM。高斯中的一种方法

谢谢。之前听过这个词，并没有去了解。谢谢你的指导。

liyuanhe211 发表于 2017-8-23 02:07
MS里的CASTEP或Dmol3、VASP、quantum espresso（参考群聊记录2015.08.21 03:46:14）

谢谢老师回答，我会去优化一下的。
另外，需要问老师的问题就是，如果按您指出的，单晶结构不一定很准确，而量化计算优化的不一定差，那么假如老师有我这样的数据，您会选择哪一个泛函和基组进行接下来热力学性质的计算呢？