我想问一下，柔性扫描的体系能量和应力是怎么换算的？是使用W=F*s换算的么？W是总能量，F是应力，s是位移。

WZH1233 发表于 2017-9-20 19:42
接着上面的问题请教，输入文件# opt=modredundant b3lyp/6-31g geom=connectivity

5 31 S 20 -0.20000 ...

对那个点没必要过度解释
就是指平均受力。结构有无突变看轨迹便知

sobereva 发表于 2017-8-27 05:14
在初始结构里，把5-25-31稍微掰弯一丁点，比如1度，然后再试试

谢sob老师，稍微掰弯可以进行

WZH1233 发表于 2017-8-26 22:15
谢谢社长
我对一个线性分子如图，想对他进行图中变化的扫描，冗余坐标为（两个N原子和一个中 ...

在初始结构里，把5-25-31稍微掰弯一丁点，比如1度，然后再试试

WZH1233 发表于 2017-8-26 21:28
弱弱问一下怎么，在当前结构下，进行减小距离或角度的扫描

扫描步长改成负数

sobereva 发表于 2017-8-26 17:30

弱弱问一下怎么，在当前结构下，进行减小距离或角度的扫描

WZH1233 发表于 2017-8-26 10:49
sob老师，按照你说的设定两个N原子的编号，我用gv设的柔性扫描，坐标后面加上  B 5 31 S 20 0.200000  ， ...

WZH1233 发表于 2017-8-25 22:07
您好，按照您说的我查一下（没怎么用过Gaussian），用Gaussian进行柔性扫描输入文件如下，这样是否是实现 ...

弥散是多余的。
柔性扫描设定不对，应当设那两个N原子的序号，而不是X 31。而且这明显不是减小距离，而是增加距离
柔性扫描的每一步相当于做一次限制性优化，通过每次限制性优化最后那一步输出的原子受力信息，可以考察相应距离下的应力。

liyuanhe211 发表于 2017-8-25 03:08
看描述无非是柔性扫描罢了。Gaussian里就能做，关键词opt=modredundant，按手册格式在相应段落声明扫描的坐 ...

您好，按照您说的我查一下（没怎么用过Gaussian），用Gaussian进行柔性扫描输入文件如下，这样是否是实现了文献中说的，逐步固定减小N-N之间的距离，不知道这样对不对？
如果可行的话，能得到文献中说的能量应变关系吗？在哪里看？谢谢

%chk=3D Atomistic.chk
%mem=20GB
%nprocshared=20
# opt=modredundant b3lyp/6-31+g(d) nosymm

BBDC

0 1
O                 25.24460000   55.27690000   24.84810000
O                 25.17890000   53.08670000   24.27670000
*
*   坐标
*
*
H                 44.19110000   63.23790000   22.52350000
H                 37.22730000   68.92100000   22.71910000

X 31 S 20 0.200000

看描述无非是柔性扫描罢了。Gaussian里就能做，关键词opt=modredundant，按手册格式在相应段落声明扫描的坐标和参数。