乐平 发表于 2022-4-12 11:42
关于色彩刻度轴的设置，请看 Sob 老师的博文  http://sobereva.com/443   第 6 关于显示色彩刻度轴

好的，谢谢！

wangxiaofeng 发表于 2022-4-12 05:29
您好！请问颜色条的的默认单位是什么？它的单位可以修改吗？颜色条的数据距离颜色条的距离怎么调整？

关于色彩刻度轴的设置，请看 Sob 老师的博文  http://sobereva.com/443   第 6 关于显示色彩刻度轴

您好！请问颜色条的的默认单位是什么？它的单位可以修改吗？颜色条的数据距离颜色条的距离怎么调整？

ssp2493187 发表于 2017-8-29 11:11
Sobereva老师 在计算fukui的时候出现如下问题

说明书中第233页的例子，phenol.wfn文件放进去

会不会是 路径中的括号和+号导致的？

Sobereva老师 在计算fukui的时候出现如下问题

说明书中第233页的例子，phenol.wfn文件放进去
5
0 // Set custom operation
1 // Only 1 file will be operated with the file has been loaded (namely phenol.wfn)
-, examples\phenol+1.wfn // “-“ is minus operator, that means the property of phenol.wfn
will minus corresponding property of phenol+1.wfn, which is the wavefunction of the phenol with
+1 net charge (corresponds to N-1 electron state)
1 // Electron density
2 // Medium quality grid
当输入红色部分的时候把phenol+1.wfn拖进去不能识别，不太明白是什么原因造成的

ssp2493187 发表于 2017-8-26 09:51
对于静电势这个事儿，我是深有体会的，并且多次请教Sobereva老师后我自己又几个感受：首先，cubegen的确是 ...

大体系静电势借助cubegen就好
第二个文件拖进去不认识肯定是路径问题，或者输入的格式不合理。具体问题请帖截图。

对于静电势这个事儿，我是深有体会的，并且多次请教Sobereva老师后我自己又几个感受：首先，cubegen的确是不方便（楼主和Sobereva老师已经解释过了）；其次，如果是大体系的时候如果想得到关于静电势的cube其实很麻烦，目前我们服务器中的Multiwfn总是罢工，Win版本的又因为体系太大带不动（我自己这一台硬件比较差），弄一台强大的电脑很重要；最后，我不得不选择极其讨厌的cubegen。PS：最近还发现了个问题就是Multiwfn里面做某些需要两个文件的例子的时候，第一个拖进去可以运行，第二个文件拉进去就不认识，最苦恼的是Linux版本的依旧歇菜了——吐核。

手册里表示，cubegen对于计算静电势以外的性质并不支持并行计算，实测发现如果用了多核，反倒比串行计算速度还慢，见下图（体系是108原子的碳纳米管片段）。对于g16和g09都测试过，耗时基本一样，所以这里只放g16的


而Multiwfn计算格点数据时并行效率极高，对任何函数都一样。在Multiwfn中，用完全同样的格点设定（即设定格点的界面里选择8 Use grid setting of another cube file，然后读取取上图中ABC-den.cube文件的格点设定），36核并行时，只花了不到三秒就算完了。对当前体系，比cubegen快一个数量级以上，所以电子密度cube文件这一步我强烈推荐改用Multiwfn来算。


关于静电势的cube计算，起码我这里测试发现cubegen并行效率很烂，这是g16的


而g09的cubegen反倒并行效率比g16的好，耗时还低不少：



实际上，gview里面按照我博文的做法绘制分子表面静电势时，计算的仅仅是分子表面上的一批点的静电势，原理上来说，这比起通过先计算静电势cube文件再映射到电子密度等值面上耗时要低很多，毕竟静电势cube文件里包含的点数甚巨，而且随体系大小增大而飙升。gview里直接绘制大体系表面静电势其实最坑爹的是调用cubegen计算电子密度格点数据计算太慢，虽然它在调用cubegen时没有利用并行，但由于cubegen本身并行度较烂，倒也没什么。