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关于dmol3中绘制纳米材料电子密度图的问题

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发布时间: 2017-9-15 12:29

正文摘要:

各位前辈老师,我想使用dmol3绘制纳米材料(C2N)电子密度图,根据导师给的input文件(见附件)计算完成之后,再将文件下载到MS中,然后引入一个xsd文件分析,update,electron density,再import之后得到电子密度图 ...

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夜夜衣 发表于 Post on 2017-9-18 19:43:23
卡开发发 发表于 2017-9-17 02:45
性质计算里面有fukui function的计算,勾选上,然后在DMol3 Calculation选项卡当中的Files-Save Files保 ...

这两天一直在挂水~,抱歉现在才回复,感谢前辈写的这么详细,我一定去试试看,再和我自己的对比下!
卡开发发 发表于 Post on 2017-9-17 02:45:39
本帖最后由 卡开发发 于 2017-9-17 03:47 编辑
夜夜衣 发表于 2017-9-16 23:09
是老师教我这样做的诶,毕竟新手,额我连前辈说的fukui指数是啥都不懂,具体就更不知道怎么操作了,先用 ...

性质计算里面有fukui function的计算,勾选上,然后在DMol3 Calculation选项卡当中的Files-Save Files保存计算文件,就会产生input,里面加上Fukui_Charge 1就行,对你而言如果计算N+1电荷下的结构的情形,N和N+1电子的电荷密度差直接用f-(r)就行,另外两个可以不算。如果不清楚你可以看下Fukui_Charge在Help当中的定义。
夜夜衣 发表于 Post on 2017-9-16 23:09:15
卡开发发 发表于 2017-9-15 16:38
没必要去手工做差,麻烦,直接对1e-的体系优化结构做周期性的fukui指数,然后fukui charge按照你添加的电 ...

是老师教我这样做的诶,毕竟新手,额我连前辈说的fukui指数是啥都不懂,具体就更不知道怎么操作了,先用着笨办法把,等以后学了更多的理论了再按前辈的做~
卡开发发 发表于 Post on 2017-9-15 16:38:34
本帖最后由 卡开发发 于 2017-9-15 16:42 编辑
夜夜衣 发表于 2017-9-15 13:54
谢谢老师的回复,一定纠正说法~,关于第二点,因为我按导师的说法替换掉了grd文件,但是outmol文件还是计 ...

没必要去手工做差,麻烦,直接对1e-的体系优化结构做周期性的fukui指数,然后fukui charge按照你添加的电荷设置就可以了,等同于你要做的事情。
夜夜衣 发表于 Post on 2017-9-15 13:54:57
sobereva 发表于 2017-9-15 13:36
直接看电子密度等值面图根本没法直接体现原子电荷的差异。原子电荷直接就能说明问题

那不叫密利根,看此 ...

谢谢老师的回复,一定纠正说法~,关于第二点,因为我按导师的说法替换掉了grd文件,但是outmol文件还是计算不带电荷得到的,在update时是更新的outmol文件,所以我一直在想这样做是否合理,导师对这个也不是很清楚,现在sob老师说可以了,我就可以放心的用啦!
sobereva 发表于 Post on 2017-9-15 13:36:20
直接看电子密度等值面图根本没法直接体现原子电荷的差异。原子电荷直接就能说明问题

那不叫密利根,看此文第2条
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298

你作的那个密度差图可以体现额外电子的分布

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