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最近读了一篇文献,求助对此图如何画,如何理解

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发布时间: 2017-9-17 17:24

正文摘要:

       最近看了一篇,重复文中的图,看multiwfn手册,最终还是没有弄明白,所以发帖到群里请求群里各位老师帮忙给看看,不胜感激。我先描述一下图:H2O(1)......H2O(2)这个水的二聚体之间 ...

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张福荔 发表于 Post on 2017-9-18 21:32:52
sobereva 发表于 2017-9-18 21:27
a就是常规做法
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113

谢谢sobereva老师
sobereva 发表于 Post on 2017-9-18 21:27:12
a就是常规做法
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113

b,c没啥意思,大抵是:
b就是两个单体的片段组合波函数对应的密度(基于片段组合的初猜,只允许做一轮SCF迭代后的密度),减去经过SCF迭代的最终二聚体的密度(即一般方式得到的二聚体的密度)。
c可能就是经过一轮SCF迭代的二聚体密度减去两个单体密度
具体的你可以问作者。

至于LDOS,先把能量刻度范围设置和文献一样,并且确保纵轴对应的坐标变化范围也对应于文献。主功能0直接就能看到各个轨道能量,一看LDOS图的横坐标位置就能判断各个竖条对应什么轨道。

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张福荔 + 8 谢谢老师

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张福荔 发表于 Post on 2017-9-17 18:29:26
sobereva 发表于 2017-9-17 17:57
感觉就是绘制O---H之间的不同MO对电子密度的贡献量而已,文中那个integral莫名其妙,对于一个点来说没法用 ...

谢谢老师.
sobereva 发表于 Post on 2017-9-17 17:57:29
感觉就是绘制O---H之间的不同MO对电子密度的贡献量而已,文中那个integral莫名其妙,对于一个点来说没法用这个词,integral是对某个范围内进行积分来得到的。

在Multiwfn主功能6的选项26中,可以设定轨道占据数,比如你接下来要考察HOMO-4的轨道贡献,那么你就把除了HOMO-4轨道以外的所有轨道的占据数都设成0。然后退回主菜单,用主功能3绘制O---H连线上的电子密度。然后在后处理界面把x,y数据点导出到.txt文件中。

类似地,通过不断修改轨道占据数然后重新绘图,就可以把各个轨道对应的密度的x,y曲线数据都导出来,再都导入进Origin里,一起绘制成曲线图,即可。

图中还标注了总密度的bcp的位置。你就重新启动Multiwfn,用主功能2拓扑分析功能搜索出那个氢键的临界点,通过"-9 Measure distances, angles and dihedral angles between CPs or atoms"功能测量一下BCP与O之间的距离,然后标到origin的图里即可。

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张福荔 + 8 谢谢

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