李俊利 发表于 2022-4-28 21:15 Origin等程序都能做频数统计 |
| 请问您是怎么把能量的散点分布转换成概率分布的？ |
weiyi8061225 发表于 2020-12-27 09:52 把所有溶质作为一个能量组，比如叫做MOL，并且rerun之前把分子的moleculetype里的nrexcel设为很大的值并产生tpr，这样rerun时就不计算分子内的非键作用项了。此时Coul-SR: MOL-MOL就是溶质分子间的静电作用，LJ-SR: MOL-MOL就是溶质分子间的范德华作用。 我没实际试过，原理上应当可行 |
sobereva 发表于 2020-12-26 05:35 非常感谢sob老师，但是分子数少可以这样做，但是我想计算溶剂分子之间的相互作用，几千个分子，怎样才能排除每个分子内部的相互作用，只计算分子间的相互作用呢？再次感谢sob老师 |
weiyi8061225 发表于 2020-12-25 09:56 三个MOL分别定义成三个能量组，rerun后把每一对MOL之间的非键作用项提出来加和 |
本帖最后由 weiyi8061225 于 2020-12-25 09:59 编辑 sobereva 发表于 2020-12-25 05:32 谢谢sob老师的回答，那我要是想计算三个MOL之间的静电相互作用，不包括每个MOL内部的静电相互作用，我应该怎么设置呢？之后体系的MOL会非常多，每两个算一下非常复杂，所以有没有方法直接算出MOL分子间的静电相互作用？非常感谢！ |
weiyi8061225 发表于 2020-12-24 16:47 1 你当前的到的是三对MOL之间的总静电作用，以及每个MOL内部的静电作用，不是两个溶质分子间的 2 把其中两个溶质分别定义为MOL1和MOL2组，rerun一下，得到的这两个组之间的作用能就是一对溶质分子间的 |
本帖最后由 weiyi8061225 于 2020-12-24 16:50 编辑 sobereva 发表于 2020-12-24 13:06 谢谢sob老师，就只有库伦相互作用，我的体系里只有溶质分子MOL（个数是3）和溶剂，rerun的两个group是MOL和SOL，进行能量计算的时候选择的是coul-sr-MOL-MOL，应该没有包括MOL和其他分子的相互作用。 1. 这样计算MOL-MOL的库伦作用会比我每两个溶质分子之间计算库伦作用的加和要大很多？这是为什么呢？ 2. 我想计算溶质MOL之间的库伦相互作用，我的group应该怎么设置呢？ 非常感谢sob老师！ |
weiyi8061225 发表于 2020-12-24 10:55 我不知道你说的“能量算出来特别大”具体取的是什么能量 如果你的体系里还有其它分子，某个组的能量也包含了这个组的分子与所有其它类型分子的作用能 |
sobereva 发表于 2017-9-25 08:17 sob老师，我在做能量分解的时候，想看一下同一种分子之间的相互作用，所以我的energy_grps只写了一个，但是能量算出来特别大，这个是为什么呀？ 体系中这种分子只有三个，所以我们每两个进行了一下能量分解然后进行加和，数值就很小，前后两种方法算出来的差一个数量级，我不清楚这是为什么？ 我要是想算同一种分子之间的相互作用，我应该怎么设置呢？谢谢sob老师了！ |
sobereva 发表于 2017-9-25 08:17 明白了。谢谢sob老师。 |
wx91aaa 发表于 2017-9-24 19:18 懒得编程序的话，直接用origin就可以做概率统计 |
ruanyang 发表于 2017-9-24 19:56 好的。我明白了！谢谢您！ |
wx91aaa 发表于 2017-9-24 19:18 你给的图依时间相关的能量变化趋势，Sob老师的意思是统计能量在整个模拟过程中的分布，然后做成概率图进行输出。这个你需要编一个小程序，读取你得到的随时间变化的能量数据转换成能量分布的概率图即可！希望对你有帮助 |
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