怎么根据范德华表面来画等高线

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发布时间: 2017-9-28 17:58

在文献上看到可以根据范德华表面画出下图这样的等高线，来体现空间拥挤程度。我试着用Multiwfn到处isovalue为0.001的TotalDensity的格点数据，但这是包括前后表面的，而图中显然只有前表面（即以当前视角肉眼能看到 ...

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ZJ220811014 发表于 Post on 2024-6-3 18:30:08

想要绘制这种刨面图，已根据网上代码绘制过了和这种图完全不一样，是立体图，没有文献中的这种效果，求作者绘制该图的代码，谢谢

sobereva 发表于 Post on 2017-9-30 14:54:54

asl1994 发表于 2017-9-30 14:22
哈哈我也觉得除了好看点没什么用，但是老板让我重复我做不出来啊

只能自己写程序了。据我所知没有现成的程序

asl1994 发表于 Post on 2017-9-30 14:22:57

liyuanhe211 发表于 2017-9-29 00:48
之前曾经看过，可傻了。假设分子是座山峰，屏幕是海平面，垂直于屏幕的方向是“高度”，然后这图就是范德 ...

哈哈我也觉得除了好看点没什么用，但是老板让我重复我做不出来啊

liyuanhe211 发表于 Post on 2017-9-29 00:48:59

本帖最后由 liyuanhe211 于 2017-9-29 00:50 编辑

sobereva 发表于 2017-9-29 00:11
我不晓得下面那个图是怎么定义的，什么计算公式，表明配体原子与金属原子的重叠程度（位阻大小）？

之前曾经看过，可傻了。假设分子是座山峰，屏幕是海平面，垂直于屏幕的方向是“高度”，然后这图就是范德华表面的等高线地形图。。。个人觉得除了拿来做个封面图啥的毫无用处。

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sobereva 发表于 Post on 2017-9-29 00:11:18

我不晓得下面那个图是怎么定义的，什么计算公式，表明配体原子与金属原子的重叠程度（位阻大小）？

agent99 发表于 Post on 2017-9-28 23:12:51

本帖最后由 agent99 于 2017-9-28 13:24 编辑

抱歉看错问题了之前的回答编辑掉

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