两个氢键之间过渡态问题

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发布时间: 2017-10-9 09:26

Sob老师，您好。我最初研究的是不同弱相互作用之前的过渡态。构型一和中间体之间的过渡态找到，IRC也能走通。但是中间体IM与构型二（即两个不同位置接的氢键）之间能找到过渡态TS2，趋势也正确，就是走不通IRC。步 ...

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sobereva 发表于 Post on 2017-10-9 21:50:57

茶新味发表于 2017-10-9 19:11
sob老师，您说的“找过渡态步长上限设最小值”不太明白？指的是找到过渡态以后走IRC步长为stepsize=5或者ma ...

opt里用maxstep=N和notrust，N设诸如3~10。这些在这里都提了
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164

opt里写calcall

茶新味 发表于 Post on 2017-10-9 19:11:50

sob老师，您说的“找过渡态步长上限设最小值”不太明白？指的是找到过渡态以后走IRC步长为stepsize=5或者maxstep=5,notrustupdate吗？
您说的加calcall指的是在找过渡态的时候opt里面加calcall吗？

sobereva 发表于 Post on 2017-10-9 16:12:38

茶新味发表于 2017-10-9 11:39
sob老师，您好。做了柔性扫描，输入文件如图，结果出现图二出现断点，要取最高点为TS初猜吗？

如果那个断点之后都优化成产物结构了，就用这个当初猜
找过渡态步长上限设小点，最好用calcall

sobereva 发表于 Post on 2017-10-9 09:34:52

IM和TS2基本都看不出区别，TS2应当不是真正、准确的过渡态结构
做个8-1-6角度的柔性扫描或许有帮助确认过渡态合适的初猜

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