请教楼主，金属配合物的问题解决了吗。

youxx189 发表于 2020-8-28 13:19
您好请问一下，Ir原子在UFF力场下能量最小化后结构发生了变形，这是什么导致的啊，谢谢老师！

力场参数不合适呗

您好请问一下，Ir原子在UFF力场下能量最小化后结构发生了变形，这是什么导致的啊，谢谢老师！

sobereva 发表于 2015-1-28 23:32
grompp加上-maxwarn xxx就可以设定warning达到xxx时才不允许执行

啊~  原来是这样，谢谢sob老师！ 哈哈~

yaochuang 发表于 2015-1-28 15:45
谢谢，sob老师，我把原子名改了就可以了！  现在这个版本的gmx中超过20个不匹配就不能继续进行了。 以前 ...

grompp加上-maxwarn xxx就可以设定warning达到xxx时才不允许执行

sobereva 发表于 2015-1-28 12:15
这只是警告，不是报错，可以无视。

.itp中有这样的部分

谢谢，sob老师，我把原子名改了就可以了！  现在这个版本的gmx中超过20个不匹配就不能继续进行了。 以前我总是在pdb中改原子名，看来是不行的。

这只是警告，不是报错，可以无视。

.itp中有这样的部分
[ atoms ]
; nr type  resnr    residue    atom     cgnr    charge       mass
1        C_R        1        UFF        C_R        1        0.025723        12.0107                       
2        C_R        1        UFF        C_R        2        -0.097501        12.0107                       
3        C_R        1        UFF        C_R        3        -0.119779        12.0107       
...
第2列是原子类型，第5列是原子名。实际上，只要你的pdb文件里的原子顺序和这部分的原子顺序一致就行了，就可以正常计算，名字不需要非得一致。但是grompp为了谨慎起见，发现第5列的原子名和结构文件里的原子名对不上，就会警告一下。要想避免警告，就把上面的第5列和pdb文件里的原子名弄一致。

本身gromacs就不支持UFF力场，而且UFF力场形式本身不能直接被gromacs所支持。OBGMX的作者把UFF力场形式做了一些近似，才勉强使之能用在gromacs里面。

最好把你详细的操作步骤和相关的文件都贴出来，否则说不清楚。