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Dmol3计算频率计算到一定步骤就进行不下去

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发布时间: 2017-10-30 13:05

正文摘要:

各位老师、同行、朋友,大家好!        我最近在用Dmol3计算吸附构型的frequency,之前的吸附构型的频率计算都很顺利(最多30个小时就算完了),后面计算别的构型就一直出现计算画面保持不变 ...

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努力学计算 发表于 Post on 2024-7-24 09:05:27
gxp-SJTU 发表于 2017-10-30 17:04
我停止了计算,从结果文件里面也没有看到特殊的信息。不知道是不是没有算完。

请问您最后解决了嘛,我这几天跑的频率计算任务,outmol文件里显示finished successfully,我从服务器下载计算结果后进行频率分析,但强度均为0
gxp-SJTU 发表于 Post on 2017-10-30 21:33:06
卡开发发 发表于 2017-10-30 18:07
这是因为用了coarse grained原因,这样不同的image被分配到不同的核心,而不是全部的核心通通计算一个ima ...

谢谢你详细的回复!
现在input里面的frequency analysis是on。 我准备把这个coarse grained关了再试试。
卡开发发 发表于 Post on 2017-10-30 18:07:37
本帖最后由 卡开发发 于 2017-10-30 18:09 编辑
gxp-SJTU 发表于 2017-10-30 17:04
我停止了计算,从结果文件里面也没有看到特殊的信息。不知道是不是没有算完。

这是因为用了coarse grained原因,这样不同的image被分配到不同的核心,而不是全部的核心通通计算一个image,实际现在的计算应该还没结束。coarse grained方法对大体系效果按手册的说法不错,小体系不一定效率高,如果计算速度还很慢你可以把频率计算中的coarse grained关了。coarse grained的问题你也可以检查你的input文件的freq是on还是old。

你的每一步SCF都要算到100多步这样确实很慢,可以酌情下调density mixing。50多原子如果每一步要SCF做100步,跑1周也很正常。另外,原子的吸附小心磁矩问题。

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zorow 发表于 Post on 2017-10-30 16:47:17
gxp-SJTU 发表于 2017-10-30 16:25
谢谢你的回复!
这只是更换了吸附分子的原因么?HCl更换成HgO岂不是更复杂了。

是的,所以我也认为不应是Cl原子导致频率算不下去,但是究竟为什么会这样我现在也不是很清楚
gxp-SJTU 发表于 Post on 2017-10-30 16:25:13
zorow 发表于 2017-10-30 14:12
我貌似遇到过类似问题,频率计算好几天都没动静,试了多次也没算出来只得作罢。但一个月后重新计算这个体系 ...

谢谢你的回复!
这只是更换了吸附分子的原因么?HCl更换成HgO岂不是更复杂了。
zorow 发表于 Post on 2017-10-30 14:12:56
我貌似遇到过类似问题,频率计算好几天都没动静,试了多次也没算出来只得作罢。但一个月后重新计算这个体系(表面吸附的分子由HCl改成了HgO)就能算出了,耗时也没之前那么长

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1234bubble 发表于 Post on 2017-10-30 13:17:23
可以Remote View,看看程序输出的outmol里面又没写什么有用的信息

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