| 厉害了 |
hakuna 发表于 2017-11-23 18:57 选mouse---add/remove bonds之后，用鼠标精确点击两个原子的中心位置，它们之间肯定会成键的（line、bonds、CPK等方式都可以显示键） |
本帖最后由 hakuna 于 2017-11-23 18:59 编辑 sobereva 发表于 2017-11-9 15:34 非常感谢指导！ 鼓捣了好长时间，也把VMD换成了最新版本，没搞定  定义了rep，内容是两原子编号：index 5 11 键类型试了好几种，可就是不出来  mouse---add/remove bonds后，还是不出来，倒是表面原子间会有链接（也不是都会连起来），吸附物原子与表面间就是不行。搜了个VMD教程，也没见到讲这问题的 难道还有什么技巧？如果原子显示方式不同就不能连键吗？操作过程抓了个视频附件了 |
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hakuna 发表于 2017-11-7 11:46 比如吸附物原子与金属原子成键的两个原子序号分别是2和8，你就定义一个新的rep，内容是index 2 8，然后设bond显示方式。在VMD里可以用主界面里的mouse - add/remove bonds，然后点击两个原子让它们成键。 |
abdoman 发表于 2017-11-7 12:54 感谢关注！上面有位社员提到过pymol，所以查了一下有关pymol的信息，一来安装稍繁，二来不支持vasp的结构格式，所以就没再深入，而VMD可以直接读取vasp结构文件，所以就鼓捣了一下，现在知道怎么去作图并渲染了，就是有点如上面描述的小问题，需要完美一下  |
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| pymol 应该可以。 |
万里云 发表于 2017-11-3 10:16 谢谢关注！ |
VMD里把display settings里的Shadows和Amb. Occl.都设成On，用内置的tachyon渲染器渲染，不到十秒钟就能出来类似效果，非常简单。
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| 用blender一下午搞定，我帮同学做过。 |
qwoop 发表于 2017-11-2 13:48 谢谢了！这样动静就闹大了，你能省点吗？ |
ChrisZheng 发表于 2017-11-2 13:22 还真有点像哎，没用过这个PM，真能搞出那种效果吗？ |
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