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跟您遇到了同样的问题,请问您时如何解决的呢 Unziping the OUTCARs ... done Do nebbarrier.pl ; nebspline.pl 0 24.5133389988695 Illegal division by zero at /root/script/vtstscripts-1033/Vasp.pm line 713. Illegal division by zero at /root/script/vtstscripts-1033/Vasp.pm line 713. Illegal division by zero at /root/script/vtstscripts-1033/Vasp.pm line 713. Illegal division by zero at /root/script/vtstscripts-1033/nebspline.pl line 70. Do nebef.pl Do nebmovie.pl Illegal division by zero at /root/script/vtstscripts-1033/pos2con.pl line 160. Illegal division by zero at /root/script/vtstscripts-1033/Vasp.pm line 168. Do nebjmovie.pl Do nebconverge.pl mv: cannot stat ‘vaspout1.eps’: No such file or directory mv: cannot stat ‘vaspout2.eps’: No such file or directory mv: cannot stat ‘vaspout3.eps’: No such file or directory Forces and Energy: 0 0.000000 -126.816600 0.000000 1 0.000000 0.000000 126.816600 2 0.000000 0.000000 126.816600 3 0.000000 0.000000 126.816600 4 0.000000 -126.816600 0.000000 cat: exts.dat: No such file or directory |
ztchem 发表于 2017-11-28 09:52 感谢回复,那这个意思就不用管它,直接往后走就行吗? |
fly1992 发表于 2017-11-25 09:59 图3中的warning我也遇到了,但不知道是啥原因,搜了一下说是gunplot绘图的需要 |
ztchem 发表于 2017-11-24 08:48 我也是用的里面的脚本,但最后处理结果的时候始终会出现上面图3的情况,您知道是怎么回事吗? |
fly1992 发表于 2017-11-23 19:36 是的,vtstscrips里的内容解压一下 |
ztchem 发表于 2017-11-23 10:56 您好,您后面的数据处理使用的网上下载的.pl文件吗? |
sky 发表于 2017-11-20 13:29 对了,老师,还想请教您一下,后面的数据处理您是怎么整的? |
sky 发表于 2017-11-17 15:37 forces and anergy的第四列中不是每个image以00的OUTCAR的能量插吗,应当也是能量而不是力。foreces是不是neb.dat的第四列才对啊。 愚见,勿怪。 ![]() |
fly1992 发表于 2017-11-20 11:35 1. 我指的是单个的image里面有可能出现某两个原子挨得很近的情况。 2. 跑个一二十步之后停止计算,‘mv CONTCAR POSCAR’之后修改INCAR再继续算。脚本都是线性插值,因此初始构型一般都很不合理,上来就用IOPT=2的话收敛慢,甚至可能出错。跑个几十步等构型相对合理一些之后,再换IOPT=2。 3. dimer是vasp里面自带的算法,详细用法手册里有。 |
sky 发表于 2017-11-17 15:37 您好,这两天一直没看论坛,非常感谢您的回复。在您的回复里面,我还有几个问题想请教您一下: 1.在您的第一条回复里面,您所说的原子之间相互挨得太近,是指移动的原子里的太近吗?如果我插入的image比较密集,这种情况不是应该势必导致原子之间离得比较近吗?有那种文献计算算氧离子导体的NEB计算,最后呈现出来的扩散路径里面感觉他插入的image就非常多啊,那这种情况下应该怎么解决。 2.在您的第二条里面我想问一下,算一二十步之后再换IOPT=2,这个是什么意思?是等到计算结束以后再修改INCAR,还是算个一二十步之后手动停止计算,修改INCAR,然后继续算? 3.您所说的用dimer算,就是把ICHAIN改成2,其他的还需要改什么地方吗? |
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1. 插入的image只需要看一下有没有原子互相挨得很近,有的话调一下就行。 2. 一开始计算先用IOPT=7,比IOPT=3快一点,然后LCLIMB=.FALSE.;算个一二十步之后再换IOPT=1或2,LCLIMB=.TRUE. 3. NEB计算不需要收敛,从经验来看也极少能碰到收敛的情况。主要是找到切线力尽可能等于0的点,然后用dimer算,基本都能找到过渡态。 4. nebresult.pl没用过,看结果“forces and energy:”下面的数据的第四列应该就是切线力,正常的计算切线力是由正值变到负值,或者由负值变到正值,然后找接近于0的点。你图里的数据只有正值,因此要么初末态构型有问题,要么你要找的点在0和1两个image之间。 不过1号image的切线力已经很接近0了,可以尝试直接做过dimer |
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