sobereva 发表于 2025-6-4 17:58 知道了，谢谢sob老师。 |
ACS_Nano 发表于 2025-6-4 17:52 你不设置显示键长当然不会默认显示 参考北京科音高级量子化学培训班（http://www.keinsci.com/KAQC）极其详细讲AIMD模拟部分的幻灯片： 
gview 5已经很老了，没有这个功能。如果没有gview 6，用下文的方法转成xyz轨迹，然后在VMD里得到键长的变化 GauMD2xyz：将Gaussian的从头算动力学轨迹转换为xyz轨迹的程序 http://sobereva.com/126 |
niubaotian85 发表于 2017-11-24 22:57 您好，麻烦问下你最后是怎么解决查看resutls -> Trajectory -> Plots的，我的情况和你一样，GV版本是5.0.9，打开ADMP的log文件，但是只有resutls -> Trajectory，一打开就是很多能量啥的，没有键长这个。非常感谢。 |
yflchx 发表于 2017-11-25 20:44 十分感谢，谢谢谢谢  |
本帖最后由 yflchx 于 2017-11-25 20:50 编辑 niubaotian85 发表于 2017-11-25 19:47 好像他们做的是恒温模拟，要用到Nuclear Kinetic Energy Thermostat Option，你写temperature的话根本没用。 去看G09的IOP手册：IOP(1/80-82，89，91，92)，在IOP手册里面搜索thermostat，以防我给你写的不对。 我只能帮到这里了，八九年前我用过ADMP，现在没有太多空闲时间去研究这个。 实在不行，一个Email过去，请求作者帮帮忙。 |
niubaotian85 发表于 2017-11-25 16:26 这个不好做判断，我没看过原文。不知道作者是如何讨论的。 假如输入来自文献的话，MP2、temperature、pressure我感觉很奇怪。 |
本帖最后由 niubaotian85 于 2017-11-25 16:42 编辑 yflchx 发表于 2017-11-25 09:18 |
本帖最后由 niubaotian85 于 2017-11-25 16:23 编辑 yflchx 发表于 2017-11-25 09:18 哦，是这样，但是尝试后发现，我做的是在0.7-0.82振动，但是文献是在1.5-1.8埃间振动，这不合理啊，一样的方法，却答案不一样，是为什么呢？ |
niubaotian85 发表于 2017-11-24 22:57 人家描绘的是两个H之间的键长，你描绘的是Be（5）和H（6）的，两码事。 |
yflchx 发表于 2017-11-24 21:41 太感谢了 |
niubaotian85 发表于 2017-11-24 21:32 为什么不试试读取.log或.out呢。 我试过了，好着呢。最后一个是close，倒数第二个是：Plot Molecular Property...点开就是定义描绘键长。 |
yflchx 发表于 2017-11-24 20:39 真的非常感谢，麻烦你了，我用的是GV5.0.9，我用的fchk文件，读取时有Trajectory这一项，但是鼠标放在上面没有其他可以选择的了，只能直接点开，所以我才怀疑是不是我命令行错了。请问该怎么操作。 |
niubaotian85 发表于 2017-11-24 20:31 你用的GV版本比较低，用GV5.0.8可以。 |
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