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LJ势能曲线的绘制

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发布时间: 2015-2-2 15:20

正文摘要:

为下一步大体系的计算我测试了一个小体系:是氧负离子自由基与甲烷,先对O和甲烷中H距离的变化进行了scan扫描,(#p scan b3lyp/6-31+g(d) ) 输出结果中有三列数据,如下: Summary of the potential surface sca ...

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diaolanxinyu 发表于 Post on 2015-2-2 18:45:10
我用mp2/aug-cc-pvtz试了一下结果好了很多,我再试试CCSD(T)

谢谢sobereva老师!
sobereva 发表于 Post on 2015-2-2 17:26:19
基本可靠。但对于这么小的体系,CCSD(T)能算得动,结果明显更好。
对于自旋多重度不为1的体系,自动加U
diaolanxinyu 发表于 Post on 2015-2-2 17:05:49
sobereva 发表于 2015-2-2 16:40
不用色散校正来表现色散作用的话,光靠B3LYP,若静电吸引作用很弱,看不到极小点是正常的。
B3LYP算分子间 ...

我现在换成了#p scan mp2/aug-cc-pvtz来计算,不知描述氧负离子和甲烷的相互作用是否可靠?
对于gaussian计算开壳层体系时D01会根据自旋多重度在方法前自动加U吗?
sobereva 发表于 Post on 2015-2-2 16:40:28
不用色散校正来表现色散作用的话,光靠B3LYP,若静电吸引作用很弱,看不到极小点是正常的。
B3LYP算分子间非静电主导的弱相互作用可以说几乎没意义
相互作用能为0那必然是无穷远处,除非你是指吸引和互斥达到平衡的那个点,但这个位置显然不平滑
diaolanxinyu 发表于 Post on 2015-2-2 16:32:01
sobereva 发表于 2015-2-2 16:09
分子间相互作用能总是非常弱的。你的图纵轴范围太大,一个刻度0.1a.u.,就相当于62.7kcal/mol了,这种体系 ...

sobereva老师,我画势能曲线的目的是想找到O距离H多远的时候相互作用为0,也就是找到势能曲线较平滑的位置,所以没有考虑的那么细致,下一步计算大体系的时候我会把您的提议考虑进去,这个是拿来学习这个方法的,谢谢老师的提示!
diaolanxinyu 发表于 Post on 2015-2-2 16:20:32
sobereva 发表于 2015-2-2 16:09
分子间相互作用能总是非常弱的。你的图纵轴范围太大,一个刻度0.1a.u.,就相当于62.7kcal/mol了,这种体系 ...

放大后的效果是一条直线了,没有先下降后升高最后趋于平滑的趋势,第三列的能量应该是单点能不是势能吧?
diaolanxinyu 发表于 Post on 2015-2-2 16:15:56
sobereva老师,类似这种体系的势能面该怎么做呢?谢谢~
sobereva 发表于 Post on 2015-2-2 16:09:07
分子间相互作用能总是非常弱的。你的图纵轴范围太大,一个刻度0.1a.u.,就相当于62.7kcal/mol了,这种体系的弱相互作用能远比这小。所以得把坐标轴数值范围放大。
sobereva 发表于 Post on 2015-2-2 15:44:45
把这部分拷出来成为.txt,拖到origin里作图即可
   1     1.5943   -114.66214
    2     1.6043   -114.72567
    3     1.6143   -114.78487
    4     1.6243   -114.84004
    5     1.6343   -114.89148
    6     1.6443   -114.93944
    7     1.6543   -114.98419
    8     1.6643   -115.02593
    9     1.6743   -115.06489
   10     1.6843   -115.10125

你这么拟合不太合适。
用这个形式,必须两个原子之间主要是色散作用,但是氧负离子和甲烷的氢是有一定静电作用的。而且,B3LYP对于色散描述完全失败,肯定结果没法用,至少要加D3来弥补。
另外,甲烷包含5个原子,虽然你只扫描O---H,但实际上这个氧和碳以及和其它三个氢的作用也不比这个O---H作用弱多少。

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