sobereva 发表于 2023-11-7 06:23
这里说的“级别”是指对能量有系统性影响的因素，跟tight、recalc没关系

IRC里面的tight跟几何优化的t ...

好的 谢谢sob老师

jaywang7 发表于 2023-11-6 12:28
看博文中说找过渡态与跑irc的计算级别必须严格一致，想问下我找过渡态结构优化时用了tight recalc=3 那么是 ...

这里说的“级别”是指对能量有系统性影响的因素，跟tight、recalc没关系

IRC里面的tight跟几何优化的tight更是根本没直接关系

Freeman 发表于 2023-11-6 15:58
那倒不用。计算级别指泛函/方法、基组、格点、溶剂模型，其他细节（如收敛限）只要合理就行。

okok

jaywang7 发表于 2023-11-6 12:28
看博文中说找过渡态与跑irc的计算级别必须严格一致，想问下我找过渡态结构优化时用了tight recalc=3 那么是 ...

那倒不用。计算级别指泛函/方法、基组、格点、溶剂模型，其他细节（如收敛限）只要合理就行。

看博文中说找过渡态与跑irc的计算级别必须严格一致，想问下我找过渡态结构优化时用了tight recalc=3 那么是不是跑irc的时候也要用tight recalc=3这样？

chands 发表于 2022-9-16 20:00
最高点处不是过渡态，可能跟IRC的累积误差有关，毕竟你的能垒太小了，步长一大，累积误差就可能导致最高 ...

谢谢老师的回答
1.我从IRC跑出来的路径中，提取反应物，生成物以及TS的结构采用PBE0-D3的方式进行优化，然后再在M062X-D3/DEF2TZVP隐形溶剂模型下计算单点能。然后进行自由能的比较的时候发现反应物的能量为:-1980.732 a.u.; TS:-1980.730 a.u.; 生成物的能量为:-1980.726 a.u.

那我还需要在更高的计算方法下找到TS的结构->相同的方向扫描IRC->提取三个点进行优化嘛？

Lym 发表于 2022-9-16 19:37
谢谢老师的回答，能垒是很小，但是最奇怪的是，最高点处不是过渡态。并且从图上来看，生成物(右边的点)的 ...

最高点处不是过渡态，可能跟IRC的累积误差有关，毕竟你的能垒太小了，步长一大，累积误差就可能导致最高点不在过渡态处。

你是说用低级别算生成物的能量（单点能）低于反应物，用高级别算生成物的能量高于反应物？有这个可能，看你的图生成物就比反应物低10 kJ/mol左右，一般情况下高级别算得准一些，可能IRC的级别太低，考虑更高的级别找过渡态和IRC。

你的反应势能面比较平缓，可能是无势垒反应，就不能用过渡态理论了。

chands 发表于 2022-9-16 17:09
你的能垒很小吗？如果不够平滑，把步长调小。

谢谢老师的回答，能垒是很小，但是最奇怪的是，最高点处不是过渡态。并且从图上来看，生成物(右边的点)的能量应该是比反应物的低，但是提出最左边点，和右边的点进行优化然后再用高能级计算单点能的时候，发现生成物的能量要低于反应物的能量。(所以想问一下，这个图像是对的嘛？以及IRC扫出来的图像高低为什么和上面优化后再用高能级算单点能来说不一样呢？)

Lym 发表于 2022-9-16 15:12
老师您好，我当前跑出来的IRC是这个样子的:1.请问当前这个IRC轨迹跑的合理嘛？

你的能垒很小吗？如果不够平滑，把步长调小。

老师您好，我当前跑出来的IRC是这个样子的:1.请问当前这个IRC轨迹跑的合理嘛？

xxzj 发表于 2021-10-30 08:59
老师，想看IRC两端优化后的结构是否与已知反应物和产物结构相对应，计算RMSD值差值有具有的范围吗，我对 ...

如果确实是已经优化后的结构，那么应该和已知反应物和产物结构严格对应才算对应，0.1eV差太大了。如果只是IRC跑到端点，但是还没优化，那只要定性相符就可以认为相符，当然缺点是不完全严格，有一定的错判概率。

sobereva 发表于 2018-10-3 23:20
如果你的意思是已知反应物和产物结构，想看IRC两端优化后是否正好对应它们，直接看结构就完了。肉眼不好 ...

老师，想看IRC两端优化后的结构是否与已知反应物和产物结构相对应，计算RMSD值差值有具有的范围吗，我对优化后的总能量对比，发现二者差值为0.1eV，可以算结构对应了吗？

学习到了，获益良多

老师您好
请问我做的IRC图像的左边是正常的趋势，但是右边是平的并且还有一些波动，这可能是为什么呢老师，是不是我的初始ts的构型就有问题啊？