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请问这样一个分子的激发态的优化和频率计算大概得几天啊

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发布时间: 2015-2-13 20:12

正文摘要:

本帖最后由 bomsaude 于 2015-2-13 12:23 编辑 想试一个分子的激发态的优化和频率计算,双核CPU运算快两天了(大约5000分钟了),不知道何时能完? 分子是3个苯环连在一起的那个分子,但不是蒽,叫啥名字忘了 ...

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万卷书万里路 发表于 Post on 2015-12-13 21:54:03
bomsaude 发表于 2015-12-11 22:49
In the following link:

http://ccc.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=774

谢谢!
bomsaude 发表于 Post on 2015-12-11 22:49:10
本帖最后由 bomsaude 于 2015-12-11 15:01 编辑
万卷书万里路 发表于 2015-12-11 06:43
楼主能讲一下这个吸收光谱和发射光谱怎么做的吗,提取输出文件中的哪些数据还有您计算的过程步骤能讲一下 ...

In the following link:

http://ccc.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=774

there is a detailed description that I made before. It gave how to calculate the absorption and emission spectra including the input files.

After you get the out (or log) file, open it, you can easily find the data, and copy it to Origin to plot it. One thing should be mentinoned is you should change the D in the data to E before you plot the figures.  

Please try it. Good luck!

P.S. I don't have Chinese input method on this computer.

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万卷书万里路 发表于 Post on 2015-12-11 14:43:03
bomsaude 发表于 2015-2-20 00:04
我这个优化和频率计算都结束了,吸收和发射光谱也计算完了。正像你说的,要花费6天时间,具体的时间是:
...

楼主能讲一下这个吸收光谱和发射光谱怎么做的吗,提取输出文件中的哪些数据还有您计算的过程步骤能讲一下吗,正在学习,谢谢您啦!
bomsaude 发表于 Post on 2015-2-20 17:29:10
sobereva 发表于 2015-2-19 22:11
我说的就是实际时间,也即wall clock时间。

-P- 2和nprocs=2效果是完全一样的,都是利用双核。

非常感谢您的解惑!祝春节快乐!
sobereva 发表于 Post on 2015-2-20 06:11:46
我说的就是实际时间,也即wall clock时间。

-P- 2和nprocs=2效果是完全一样的,都是利用双核。

从你的优化过程的实际耗时(离开最后的link的时间减去最开始进入link的时间之差)除以优化过程的步数就可以推断每一次SCF+受力计算需要将近一个小时。基于有限差分进行频率计算总共要在6N个结构下做SCF+受力计算,于是总时间就很容易得出了。
sobereva 发表于 Post on 2015-2-14 02:57:46
优化已经算完了,现在正在算频率。
TDDFT不支持解析二阶导数,需要在一阶解析导数上做有限差分得到,所以算频率非常慢,相当于做6N步TDDFT几何优化的耗时。

既然是双核,应该用nprocs=2啊。
目前情况,大概一步1个小时,估计整个任务总耗时为150小时左右,约6天。
bomsaude 发表于 Post on 2015-2-14 01:47:03
sobereva 发表于 2015-2-13 15:46
输出文件如果压缩后不大就发上来吧,否则没法说清楚

第一步很快就完成了,这一步一个maximum force的结果也没有。试一下也不知道何时能结束?

phenexc.log.rar (243.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)
sobereva 发表于 Post on 2015-2-13 23:46:12
bomsaude 发表于 2015-2-13 22:31
第一步不到5小时
Leave Link 9999 at Wed Feb 11 20:59:49 2015, MaxMem=  655360000 cpu:       0.1
  ...

输出文件如果压缩后不大就发上来吧,否则没法说清楚
bomsaude 发表于 Post on 2015-2-13 22:31:49
sobereva 发表于 2015-2-13 13:48
计算条件实在不佳...

你先看看算到哪了,是还在优化,还是正在弄算频率

第一步不到5小时
Leave Link 9999 at Wed Feb 11 20:59:49 2015, MaxMem=  655360000 cpu:       0.1
Job cpu time:  0 days  4 hours 53 minutes 52.5 seconds.

现在快90小时了,还在算。。。

谢谢!
sobereva 发表于 Post on 2015-2-13 21:48:16
计算条件实在不佳...

你先看看算到哪了,是还在优化,还是正在弄算频率

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